Для общецерковной борьбы со злоупотреблениями и упорядочения практики индульгенций в Римской курии было создано особое ведомство, начало которому положил папа Римский Климент VIII, учредивший в 1593 г. комиссию кардиналов, занимавшуюся предоставлением индульгенций и контролем за их выдачей. 6 июля 1669 г. motu proprio «In ipsis pontificatus» папа Римский Климент IX преобразовал эту комиссию в Конгрегацию индульгенций и реликвий (Sacra Congregatio Indulgentiarum et Sacrarum Reliquiarum), в сферу деятельности которой входило предоставление индульгенций и определение условий их получения, а также разъяснение связанных с ними богословских и практических вопросов. 28 января 1904 г. motu proprio «Quae in Ecclesia» папа Римский Пий X объединил эту конгрегацию с Конгрегацией обрядов. В ходе реформы Римской курии, объявленной 29 июня 1908 г. конституцией «Sapienti consilio», папа Пий Х упразднил Конгрегацию индульгенций и реликвий, передав её функции секции по делам индульгенций при Конгрегации Sanctum Officium. 25 марта 1917 г. motu proprio «Alloquentes» папа Римский Бенедикт XV закрепил обязанности предоставления индульгенций за Апостольской пенитенциарией. С 1807 г. периодически издавался сборник постановлений конгрегации (Raccolta di orazioni e pie opere), в котором публиковались правила и условия получения индульгенций, а также связанные с ними молитвы и духовные упражнения (чтение розария, молитвенные размышления над какой-либо темой и т.д.). С 1877 г. «Raccolta...» получили статус официального издания Конгрегации, в них стали помещаться декреты и рескрипты о даровании какой-либо индульгенции. По поручению папы Римского Льва XIII в 1883 г. были опубликованы все решения и определения конгрегации с 1668 по 1882 гг. (Decreta authentica), в 1885 г. отдельно были изданы все предписания конгрегации (Rescripta authentica). В период Контрреформации наибольшее распространение получили папские индульгенции, складывались их различные виды. С конца XVI в. одним из них становится так называемая апостольская индульгенция (полная или частичная), получение которой связано с использованием получивших папское благословение предметов (чёток, крестиков, медальонов, икон и священных изображений и др.). Впервые такая индульгенция была предоставлена папой Римским Сикстом V буллой «Laudemus viros gloriosos» (1587 г.) для тех, кто приобрели получившие папское благословение позднеантичные монеты из обнаруженного при реставрации Латеранской базилики клада. Условием получения этой индульгенции было совершение приобретателем каких-либо дел благочестия или милосердия; в булле подробно регламентировалось, какой вид индульгенции даруется обладателю монеты за те или иные действия (например, полная индульгенция даровалась после исповеди и причащения).