Большой ущерб Посожью нанесла Ливонская война 1558–1582 гг., в ходе которой Гомей был взят московскими войсками, в 1576 г. вернулся под власть Речи Посполитой. Посадские деревянные церкви сгорели при набеге московских стрельцов 5 мая 1581 г. Посожье неоднократно становилось ареной боевых действий в период казачьих восстаний конца XVI в. В 1595 г., в ходе выступления Северина Наливайко, его войска захватывали города Петриков, Речица, Рогачёв, Гомей, Туров и Пинск. Кроме того, до 1570 гг. на город и окрестные земли неоднократно делали набеги татары. После принятия большинством православных епископов Западнорусской митрополии во главе с митрополитом Брестской унии 1596 г. усилилось преследование православных со стороны католиков и униатов на всей территории Речи Посполитой, в том числе и в Посожье. К первой четверти XVII в., когда Гомелем управляли старосты Андрей (1582–1610 гг.) и Павел-Стефан (1610–1635 гг.) Сапеги – представители знатного рода, с XVI в. тесно связанного с католической Виленской архиепископией, относится передача во владение Виленскому капитулу Горвальского замка – центра Горвальской волости. Действия Сапег на территории Гомельщины получили поддержку со стороны униатского Полоцкого архиепископа Иосафата Кунцевича, который в 1621 г. закрыл в Гомеле замковую Никольскую церковь. Храм был вновь открыт как православный в 1623 г., после убийства униатского архиепископа. О притеснениях со стороны католиков и униатов, в том числе на Гомельщине, представители православной шляхты говорили на Варшавском сейме в 1623 г.: «Мы можем перечислить те воеводства, поветы и города, в которых творится этот невыносимый произвол и несвойственное христианству притеснение нас, русского народа... В Понизовье – Кричев, Чечерск, Пропойск, Рогачёв, Гомель, Остр, Речица, Любеч и т.д. ...В большинстве из этих городов люди старого греческого вероисповедания, имеющие права, пожалованные их величествами королями польскими и великими князьями литовскими, отстранены от городских ратушных должностей, исключены из ремесленных цехов, лишены церквей, воздвигнутых из камня и дерева их предками того же вероисповедования. Притом они испытывают невыносимые страдания, их заключают в тюрьмы, подвергают изгнанию, лишают должностей, наказывают штрафами, налагают аресты на имущества и придумывают всякие, какие только могут быть, неприятности, надругательства, оскорбления и клевету» («Белоруссия в эпоху феодализма», том 1). После создания в 1632 г. единственной на белорусских землях Мстиславской, Могилёвской и Оршанской православной епархии (см. Могилёвская и Мстиславская епархия) гомельские земли перешли под управление её архипастырей. Существованию православия в Посожье во многом способствовало могилёвское Богоявленское православное братство, противостоявшее агрессии униатов и католиков на белорусских землях. Как и в предшествующем столетии, в XVII в. гомельские земли часто оказывались ареной военных действий.