Во-вторых, нет оснований отрицать, что 16-е правило Двукратного Собора приложимо к случаю патриарха Никона и предполагает то наказание, какое ему определил Собор 1660 г., как об этом свидетельствует толкование правила Матфеем Властарем: «Если же и случится кому-нибудь отречься от епископии и оставить вверенную паству, то несправедливо потом тому удерживать священнослужение... И из 16-го правила так называемого 1 и 2 Собора обнаруживается крайнее безрассудство решающих таким образом, что якобы можно архиереям от епископии отрекаться, а священство удерживать... сие правило пробывшего в отлучке от своей епископии более шести месяцев и не задерживаемого каким-либо необходимым предлогом повелевает лишать и епископии, и священства» (ср. толкование 16-го правила Двукратного Собора епископом Никодимом (Милашем): «Если же епископ подаст в отставку от управления своей епархией по необъяснимому своеволию... в таком случае таковой епископ не имеет права более и священнодействовать, и за подобный поступок он подлежит лишению священства»). Однако авторитетное мнение Епифания, а также позиция Никона, считавшего неканоничным как сам факт созыва Собора, так и его решения, стали причиной того, что постановление 1660 г. не было приведено в исполнение и решение «дела Никона» отложилось до Большого Московского Собора 1666–1667 гг. (об участии в нём Епифания исследователям неизвестно). Вероятно, с Собором 1660 г. связана работа Епифания над переводом «Алфавитной Синтагмы» Матфея Властаря (Исторический музей; последний список поправлен Евфимием Чудовским в первой половине 1690 гг.). По благословению патриарха Никона дважды (в начале 1650 гг. и в 1675 г.) Епифаний переводил с греческого свод церковных и гражданских законов Константина Арменопула «Епитоми» (первый перевод исчез во время эпидемии чумы в Москве в 1653 –1654 гг.). Сочинение содержит изложение идеи симфонии светской и духовной властей, интересовавшей Никона. Как полагают исследователи, Епифаний неоднократно участвовал в собеседованиях на богословские темы. В 1671 г. в некоем «доме беседы» состоялся диспут между Епифанием, Симеоном Полоцким, Паисием Лигаридом с одной стороны и Николаем Спафарием – с другой. Целью диспута было испытать учёность и искусство в споре недавно прибывшего в Москву Спафария (приехал 3 июня 1671 г.). Оппоненты задавали новоприбывшему греку вопросы о Святой Троице, о чинах Небесных Сил, о том, каким образом ангелы, «безплотни суще», разговаривают между собой. Не готовый к рассуждениям на богословские темы, Спафарий не всегда мог дать ответ. Спором между Епифанием и Симеоном Полоцким началась продолжавшаяся в Русской церкви до конца XVII в. полемика о времени преложения Святых Даров. Диспут между Епифанием и Симеоном имел место в патриаршество Питирима (7 июля 1672 г. – 19 апреля 1673 г.) в Патриаршей Крестовой палате. Епифаний отстаивал православную точку зрения, его оппонент – католическую (о споре сообщается в книге «Остен»). В 1673 г. по поручению царя Епифаний возглавил работу по созданию нового перевода Библии.