Служебник был утверждён на Соборе в Москве в 1655 г., на котором присутствовали Московский патриарх Никон и Антиохийский патриарх Макарий III. Помимо Служебника в 1655 г. была напечатана (но не обнародована) подготовленная Епифанием книга «Скрижаль», целью которой была апология богослужебной реформы. Основу сборника составило присланное патриарху Никону Константинопольским патриархом Паисием I толкование чина литургии греческого иеромонаха Иоанна Нафанаила. К этому толкованию Епифаний добавил выдержки из послания патриарха Паисия 1655 г., несколько статей, объясняющих богослужение, статьи о троеперстии, о новопереведённом тексте Символа веры, Слово протоиерея Николая Малаксы об именословном перстосложении. «Скрижаль» была обнародована в 1656 г., в том же году Печатный двор издал новоисправленные Постную Триодь и Часослов, в следующем году – Ирмологий, в 1658 г. – Требник. При активном участии Епифания в 1659–1666 гг. на Печатном дворе были подготовлены и изданы: Псалтирь с восследованием, Анфологион, Триодь Цветная (1660 г.), Минея общая (1661, 1663 гг.), Канонник (1662 г.), Библия – исправленное переиздание Острожской Библии, Минея праздничная (1663 г.), «Книга о священстве» Иоанна Златоуста (1664 г.), Октоих, Псалтирь (1666 г.). О том, что основой для никоновской книжной справы стали сверенные с греческими образцами юго-западнорусские издания, свидетельствуют ковычные, т.е. корректурные, экземпляры изданных в Москве книг: корректурный экземпляр Служебника 1655 г. представляет собой стрятинский Служебник 1604 г., в основу Постной Триоди 1656 г. были положены киевские Триоди 1627 и 1648 гг., корректурной книгой Цветной Триоди 1660 г. была киевская Триодь 1631 г. При издании Требника московские справщики воспользовались киевским Требником 1646 г., сверяя его с греческим изданием. Московское издание «Книги о священстве» 1664 г. основывается на львовском издании 1614 г. При необходимости в сложных случаях осуществлялась непосредственная сверка с греческим текстом, подтверждаемая пометами писцов (например, в ковычном экземпляре Служебника 1655 г.: «В греческом сего несть», в корректурном экземпляре Требника 1658 г.: «Посмотреть в греческом», «со греческого»). Многие московские издания 1650–1660 гг. (в частности, Библия) содержат написанные Епифанием предисловия. С ним связано возобновление проповеди в Московской Руси, совершившееся по благословению патриарха Никона. Перу учёного монаха принадлежит более 50 поучений, большая часть которых была произнесена в церкви. Известны сборники поучений Епифания. Среди его сочинений – Слова на праздники и памяти святых, поучения на евангельские чтения, Слово к иереям, Слово к монахам, Слова «на погребение архиерея» и «на погребение властелина», «Чин боголепный», «Пытайте писания» и др. Пространное Слово «О учении греческого писания» обращено против «ненавистников» просвещения, понимаемого автором как изучение греческого языка и текстов. В Слове «О милости» (ранее приписывавшемся Евфимию Чудовскому) Епифаний, как полагают исследователи, опираясь на украинско-белорусскую практику, призывает устраивать богадельни и создавать общества милосердия, которые осуществляли бы сбор и распределение пожертвований, беспроцентную ссуду денег.