В первой половине XVII в. монастырь был на какое-то время заброшен, в 1676 г. восстановлен наряду с монастырями св. Бессребреников и св. Онуфрия, однако наблюдатели начала XIX в. снова называют монастырь Сорока мучеников необитаемым. Сады, находившиеся в этих подворьях, по большей части арендовали монастырские «рабы» за половину урожая. Однако из-за саранчи, засух и ещё в большей степени из-за кочующих поблизости бедуинов монастырь великомученицы Екатерины получал с этих садов незначительную прибыль. В Эт-Туре монастырь великомученицы Екатерины имел подворье с церковью во имя св. Георгия (по другим данным в честь Успения Пресвятой Богородицы); жившие там монахи надзирали за финиковыми рощами монастыря. В нескольких км от Эт-Тура находились развалины монастыря Иоанна Предтечи, разорённого при аль-Хакиме. В XV в. стены и башни монастыря ещё сохранялись в целости, а внутри находилось христианское кладбище. Эт-Тур был населён православными арабами и насчитывал 50 домов (конец XV в.) или 200 жителей (конец XVI в.). Город существовал за счёт торговли с Индией, а также отчасти за счёт рыболовства и финиковых рощ. Единственными мусульманами в округе были янычары из гарнизона крепости, контролировавшей городскую гавань. Это соседство доставляло синаитам немало проблем. Так, по сообщению французского путешественника Жана де Тевено (1658 г.), исследователям известно, что турки, расчищая место для крепости, разрушили церковь Эт-Тура. Монастырские анналы под 1665 г. содержат запись о том, как янычары Эт-Тура, заручившись поддержкой египетского паши, обвинили синаитов в осквернении мечети, находившейся в монастыре, и хотели разорить обитель. Чтобы откупиться, инокам пришлось продать часть монастырских сокровищ (впрочем, сумма выкупа в источнике неправдоподобно завышена). В XVI в. экономическое положение в Эт-Туре ухудшилось, город разорялся. После покорения Египта османами турецкий флот сумел прорвать португальскую блокаду и возобновить доставку пряностей в Египет. Однако теперь главным портом на Красном море стал Суэц, защищённый новыми укреплениями. Наблюдатели XIX в. писали о полном упадке Эт-Тура и об обнищании жителей. Турецкая крепость к этому времени была заброшена и разрушилась, от монастыря Иоанна Предтечи остался только фундамент. Ещё в 1728 г. церковные власти разрешили жителям Эт-Тура вступать в брак в близких степенях родства ввиду изолированности и малочисленности местной христианской общины. Православное население города, составлявшее в начале XIX в. 500 человек, сократилось более чем в пять раз после эпидемии чумы 1829 г. Тем не менее, финиковые плантации Эт-Тура оставались важным источником доходов монастыря. В конце XVI в. Синайское подворье в Каире было разрушено наводнением, и один из арабских христианских старейшин подарил монастырю участок в каирском районе Джувания (Джувайния), где было отстроено новое подворье.