Двумя годами позже бедуины перекрыли проход в монастырь для паломников из-за конфликта с синайской братией. Исследователи полагают, что нарастание враждебности между синайскими монахами и их кочевым окружением происходило вследствие ухудшения экономического положения монастыря и невозможности для него откупаться от бедуинов и снабжать их продовольствием в прежних объёмах. Из отрывочных данных разных источников у исследователей складывается картина некоего общего кризиса православного мира Леванта на рубеже XV и XVI вв. Этот кризис выразился, в частности, в запустении ряда ближневосточных монастырей, а также малых монастырей и подворий в окрестностях монастыря великомученицы Екатерины. Если паломники в конце XIV в. отмечали, что почти во всех монастырях вокруг Синайской горы живут монахи, то в конце XV в. авторы называют эти монастыри «разрушенными». Один – два инока оставались только в обители Сорока мучеников. Из более поздних источников исследователям известно, что монахов направляли в подворья-оазисы только на период сбора урожая; в остальное же время сады находились под присмотром монастырских «рабов». Одним из факторов упадка монастыря великомученицы Екатерины стала португальская экспансия в Индийский океан начала XVI в., которая нанесла урон ближневосточной экономике. Прервалась торговля пряностями через Красное море, куда неоднократно вторгался португальский флот. Пришёл в упадок порт Эт-Тур, от которого зависело благосостояние монастыря великомученицы Екатерины. В 1503 г. мамлюкский султан в письме к папе Римскому угрожал в случае продолжения португальских нападений разрушить христианские святыни Ближнего Востока, в том числе монастырь великомученицы Екатерины. К концу XV в. в монастыре великомученицы Екатерины замерло книгописание. После 1470 г. надолго исчезли упоминания о Синайских епископах. По мнению исследователей, именно в это время произошла эллинизация монастыря: из-за упадка (в том числе демографического) арабских православных общин прекратился приток в монастырь великомученицы Екатерины арабских монахов, и их место заняли греки. Путешественники рубежа XV и XVI вв. однозначно называли синайских монахов греками. Несмотря на присутствие в рядах синайской братии отдельных представителей других православных народов, монастырь великомученицы Екатерины в целом сохраняет греческий характер до настоящего времени.