Во второй книге он обращается к онтологической тематике, задаваясь вопросом о познаваемости бытия, сущего и сущности и о доступных для человека способах познания. В этой же книге предлагается оригинальное рассмотрение взаимосвязи чувственного восприятия и интеллектуальной деятельности, проявляющейся в формировании простых и сложных суждений. Единственный «вопрос» третьей книги посвящён проблематике соотношения рода и видового отличия (differentia). В четвёртой книге заслуживает внимания исследователей трактовка Иоанном Дунсом Скотом унивокальной предикации сущего, которая предвосхищает его более поздний подробный анализ этой же темы в «Вопросах» по «Сентенциям». В пятой книге Иоанн Дунс Скот возвращается к рассмотрению тематики причинности, в частности, анализирует свойства целевых причин; здесь также содержится разбор различных сложностей, связанных с категорией количества, в том числе с делимостью как главным свойством количества. Завершают эту книгу «вопросы», в которых решаются сложности, связанные с занимавшей важное место в средневековой метафизике категорией «отношение». В шестой книге Иоанн Дунс Скот решает вопросы, посвящённые делению наук, свойствам сущего как метафизического понятия и соотношению сущего и истинного. Седьмая книга открывается «вопросами», в которых проводится анализ понятия «сущность» (substantia); далее следуют «вопросы», затрагивающие тему взаимосвязи материи и формы, а также их актуализации в конкретных единичных вещах; завершают книгу «вопросы», имеющие своей тематикой различные трудности, возникающие при попытках выявить способы соотношения индивидуального и универсального в вещах. В восьмой книге рассматривается проблематика взаимосвязи материи и формы применительно к субстанциям и акциденциям. Девятая книга посвящена анализу философских понятий «потенция» и «акт», а также выявлению характерных свойств «активной потенции» и «пассивной потенции». Особое место в философском наследии Иоанна Дунса Скота занимает сравнительно небольшое произведение «Theoremata» («Теоремы»). С точки зрения формы это сочинение представляет собой собрание коротких философских тезисов («положений» и «определений»), сопровождаемых доказательствами и разъяснениями Иоанна Дунса Скота («заключения», «замечания»). Современными издателями текст Иоанна Дунса Скота разделён на 13 смысловых частей. В круг тематики трактата входит учение о соотношении универсального и единичного, о количестве и качестве, о формировании концепта и его связи с вещами, о различных видах причинности, о материи, о форме, о действующем начале и действии. Особое место в трактате занимает пятая часть, в которой Иоанн Дунс Скот обосновывает невозможность научного доказательства положений веры, относящихся к учению о свойствах Божьих, о Святой Троице, о Христе, о грехе и спасении и т.п. Поскольку многие рассматриваемые в трактате тезисы используются им в философском учении о Боге, раскрываемом в других сочинениях, «Theoremata» во многом являются своеобразным компендиумом понятий его философской теологии Иоанна Дунса Скота. Ёмкость трактата и важность его тематики обусловили неослабевающий интерес к нему со стороны исследователей философии и теологии Иоанна Дунса Скота.