Все обвинения против Алексия были отвергнуты, здесь его «все считали... отцом и называли спасителем народа». Митрополит не допустил открытого столкновения с патриаршими послами, но перед лицом сближения Литвы и Орды, с которой уже шла открытая война, Димитрий Иоаннович не мог допустить на митрополичий стол в Москве человека, тесно связанного с Литвой. Положение ещё больше осложнилось из-за действий Киприана, который зимой 1376/1377 гг., одновременно с поездкой патриарших послов в Москву, попытался подчинить своей власти Великий Новгород. 12 февраля 1378 г. митрополит Алексий умер. Перед смертью он поручил Димитрию Иоанновичу заботу об основанном им Чудовом в честь Чуда архангела Михаила в Хонех мужском монастыре. На его похоронах присутствовали Димитрий Иоаннович с сыновьями Василием и Георгием (Юрием), а также князь Владимир Андреевич. По приказу великого князя, но вопреки воле покойного, по смирению желавшего быть похороненным вне церкви, митрополит Алексий был погребён в соборе Чудова монастыря «с великою честью... близ олтаря». В июне 1378 г. митрополит Киприан направился в Москву, чтобы занять митрополичий стол в соответствии с патриаршим решением. По приказу великого князя он со свитой был задержан и ограблен, сутки пробыл под арестом, а затем с позором выслан в Литву. Всех, кто были причастны к этому, митрополит Киприан предал проклятию и направился с жалобами на действия Димитрия Иоанновича в Константинополь, куда прибыл весной 1379 г. У Димитрия Иоанновича был свой кандидат на митрополичий стол – коломенский священник Митяй (Михаил), духовный отец и начальник великокняжеской канцелярии (печатник). В 1376 г. он был пострижен в монахи Чудова монастыря архимандритом Елисеем Чечёткой и сразу стал архимандритом великокняжеского московского в честь Преображения Господня монастыря (Спаса на Бору) в Кремле. Великий князь добивался, чтобы митрополит Алексий, подобно тому как поступил по отношению к нему митрополит Феогност, «благословил» Митяя быть его преемником на кафедре, но митрополит отказался это сделать. После смерти Алексия великий князь передал архимандриту Михаилу управление делами митрополии, и тот поселился на митрополичьем дворе. Осенью 1376 г. был низложен Константинопольский патриарх Филофей Коккин. К новому патриарху Макарию (1376/1377–1379, 1390–1391 гг.) Димитрий Иоаннович направил послов с жалобами на решения его предшественника, и им удалось добиться успеха. Патриарх Макарий одобрил решение великого князя не признавать митрополита Киприана, дал архимандриту Михаилу полномочия управлять митрополией и обещал возвести его на митрополичью кафедру. Однако в 1379 г. утратил свой престол и патриарх Макарий. Не зная об этом, Димитрий Иоаннович собрал в Москве епископов Северо-Восточной Руси для совершения епископской хиротонии Митяя (Михаила), готовившегося к поездке в Константинополь. Против выступил один из наиболее авторитетных иерархов – Суздальский епископ Дионисий, и этот план был оставлен. Митяй (Михаил) направился в Константинополь в июле 1379 г. Его сопровождала большая свита из духовных лиц и митрополичьих слуг и великокняжеское посольство во главе с боярином Юрием Васильевичем Кочевиным-Олешинским.