Во второй половине XVI – начале XVII вв. состав капеллы Сан-Марко продолжал расти, число певчих стало доходить до 30. Появилась постоянная группа музыкантов-инструменталистов, «поддерживавшая» голоса певчих и, как полагают исследователи, исполнявшая инструментальные произведения на праздничном богослужении и светских торжествах; на самые большие праздники к ним присоединялось до 14 музыкантов. В остальных венецианских церквах обычно было не более четырёх – пяти певчих, в конце XVI в. по большим праздникам к ним в подражание Сан-Марко часто добавлялись небольшие инструментальные группы. Даже в женских монастырях организовывались ансамбли медных духовых, участвовавшие в музыкально-литургических драмах, которые там ставились. Известными капельмейстерами XVI в. были Людовико Бальбо в церкви Санта-Мариа Глориоза деи Фрари и Ипполито Баккузи в церкви Сан-Стефано. Очередное охлаждение отношений Венеции с Римско-католической церковью в начале XVII в. способствовало сохранению местных традиций и дистанцированию от процессов унификации богослужения и упрощения церковного пения, свойственных периоду Контрреформации. Это выражалось, в частности, в том, что в XVII–XVIII вв. капельмейстеры Сан-Марко назначались только из числа местных уроженцев (исключение – Клаудио Монтеверди). Новым в церковной музыке Венеции стало создание выразительных сольных партий как ответ на распространение монодии. В начале XVII в. вошли в употребление сопровождение библейских чтений на Страстной седмице игрой на клавесине и соло скрипки во время возношения гостии на рождественской и пасхальной мессах. К концу XVII в. Сан-Марко постепенно стал утрачивать своё исключительное положение в музыкальном мире Венеции: число церковных сочинений, создававшихся по заказу базилики, резко сократилось, что во многом было связано с ухудшением её финансового положения. В XVII – середине XVIII вв. музыканты Сан-Марко активно писали оперы для театров, в том числе для Сан-Джованни Кризостомо – самого престижного и дорогого из венецианских театров (согласно венецианской традиции, театры назывались в честь святых или праздников). Другими соперниками венецианской базилики на музыкальном поприще стали капеллы (консерватории), открытые в XVII в. при четырёх ospedali (приютах для сирот): здесь культивировалась виртуозность как в певческом искусстве, так и в игре на органе, духовых и струнных, основным музыкальным жанром стала оратория. Кризис Венецианской республики в XVIII в. вызвал отток видных музыкантов в другие центры. Несмотря на реформу капеллы Сан-Марко в 1765–1766 гг., в период руководства ею Бальдассаре Галуппи (повышение ставок, пересмотр инструментального состава, не менявшегося c XVI в.), и приглашение известных певцов для исполнения соло во время рождественских празднеств.