В ходе визита патриарх Алексий II посетил школу-интернат №3 в Вильнюсе и передал пожертвование на её благоустройство. С балкона часовни, в которой находится виленская Остробрамская икона Божьей Матери, почитаемая как православными, так и католиками, Предстоятель РПЦ выступил с обращением к народу Литвы. В епархии действует десять приходских воскресных школ, самая крупная – при каунасском Благовещенском соборе, её посещают больше 200 человек разного возраста. В 2001 г. создана епархиальная комиссия, курирующая работу воскресных школ. В 2001 г. 12 студентов из Литвы окончили заочное отделение Православного Свято-Тихоновского богословского института. В 1997 г. начала работу постоянно действующая епархиальная комиссия по аттестации преподавателей предмета «Основы религии», изучаемого в литовских общеобразовательных школах (по выбору учащихся) с 1992 г. Для православных учителей-катехизаторов епархия ежегодно проводит республиканские семинары. В настоящее время в школах с русским языком обучения работают 55 православных учителей-катехизаторов. В начале 1990 гг. епархия издала три выпуска православного сбоника «Лоза», «Очерки по истории русской святости» Иоанна Кологрива, молитвенники, отдельные труды русских религиозных философов. В 1995 г. было учреждено епархиальное Православное братство Литвы (председатель совета – настоятель Благовещенского собора в Каунасе протоиерей Анатолий Стальбовский), в которое вошли большинство приходов епархии. Во многом благодаря инициативе совета братства сотни юношей и девушек стали участниками летних православных лагерей, организуемых ежегодно на берегу Балтийского моря и в местности Ужусаляй под Каунасом. Кроме того, молодые люди совершают паломничества по святым местам России, Беларуси, Украины. На праздники Рождества Христова и Пасхи проходят фестивали молодёжных творческих коллективов. Православное общество св. Евфросинии Полоцкой организует летние православные лагеря, молодёжный хор общества участвует в богослужениях. Общество православного просвещения «Живой колос» опекает детей-сирот и детей из неблагополучных семей в рамках действующей уже 12 лет программы «Крестные и крестники». «Живой колос» ведёт программу на Литовском национальном радио, в которой освящаются религиозно-нравственные вопросы, исторические и современные аспекты жизни русских в Литве. Наиболее почитаемой святыней епархии являются мощи мучеников Антония, Иоанна и Евстафия, почивающие в соборном храме вильнюсского Свято-Духова монастыря. В трапезной вильнюсского Марие-Магдалинского женского монастыря хранится ларец с частицами мощей святой равноапостольной Марии Магдалины, привезённый в Вильно из Почаевской лавры в 1937 г. В соборе в честь Благовещения Пресвятой Богородицы в Каунасе находится Сурдегская икона Божьей Матери, по преданию явившаяся в 1530 г. над источником в местности Сурдеги, в 38 км от Панявежиса (этот источник и поныне является местом паломничества верующих).