В 1915 г. Литовская семинария эвакуировалась из Вильны в Рязань, где прошёл 1916/1917 учебный год, занятия возобновились в 1921 г. в Вильно. В 1923 г. Литовская духовная семинария перешла в юрисдикцию Польской автокефальной церкви. В конце 1939 г. духовная семинария вернулась в юрисдикцию РПЦ с названием «Вильнюсская». При митрополите Сергии (Воскресенском) в Вильнюсе на базе духовной семинарии действовали пастырско-богословские курсы для подготовки священнослужителей, которыми руководил протопресвитер Василий Петрович Виноградов; курсы окончили 27 человек, выпуск состоялся 27 апреля 1944 г. В 1944 г. семинария была закрыта, в 1946 г. – возобновлена, в августе 1947 г. под давлением властей вновь закрыта, ученики были переведены в семинарию в Жировицах. Православное духовенство независимой Литвы в 1920 гг. неоднократно обращалось к правительству с просьбой открыть в Каунасе православную духовную школу. В конце 1929 г. Министерство просвещения выделило 30 тыс. литов на организацию двухгодичных богословских курсов. Занятия вели архиепископ Елевферий (Богословский), преподаватели парижского Свято-Сергиевского богословского института и руководитель хора каунасского кафедрального Благовещенского собора. На курсах был один выпуск, их окончили восемь человек. В 1936 г. действовали двухнедельные епархиальные курсы псаломщиков. В первые годы после окончания Второй мировой войны положение православной общины в Литовской ССР было относительно благополучным. В то время когда в республике была закрыта бо́льшая часть костёлов и все католические монастыри, православные храмы и монастыри (Свято-Духов и Марие-Магдалинский в Вильнюсе) продолжали действовать. На литовский язык были переведены православные литургические тексты. Важнейшим событием в жизни Виленской епархии стало возвращение в Вильнюс 26 июля 1946 г. мощей Виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия, увезённых в Москву летом 1915 г. В 1946–1948 гг. православные приходы прошли государственную регистрацию, права юридических лиц получили 44 общины. В 1946 г. в клире епархии состояли 76 священнослужителей. До 1949 г. на средства, поступавшие из патриархии, было отремонтировано более 20 храмов, в том числе пострадавший от бомбёжки монастырский храм Святого Духа. Патриархия выделяла также средства на зарплаты священнослужителям и пенсии сиротам из семей духовных лиц, в частности, в 1955 г. 21 из 41 прихода епархии получил различного рода помощь из Москвы. Общегосударственная политика наступления на православную церковь начала особо сказываться на православных общинах Литвы в начале 1950 гг. В 1953 г. Совет министров Литовской ССР распорядился не отпускать православным общинам стройматериалы из государственных фондов. В 1950 гг. литовское правительство неоднократно обращалось в Москву с ходатайством о закрытии Свято-Духова монастыря. Епархиальный клир не пополнялся – священнослужителям, приезжавшим из Белоруссии и с Украины, чинились непреодолимые препятствия для прописки в Литве.