В октябре 1939 г., после разгрома Польши Германией и заключения советско-немецких соглашений, Вильно и незначительная часть Виленского края были присоединены к Литве, на этой территории действовало 14 церквей и проживало 12 тыс. православных. Бо́льшая часть Виленского края (бывший Дисненский, Вилейский, Лидский, Ошмянский повяты) отошла к Белорусской ССР. В октябре 1939 г. митрополит Елевферий (Богоявленский) приехал в Вильнюс, который вновь стал кафедральным центром, упразднил виленскую консисторию Польской церкви. 10 января 1940 г. архиепископ Феодосий (Феодосиев), бывший глава Виленской епархии Варшавской митрополии, отправил письмо митрополиту Сергию (Страгородскому), в котором приносил покаяние в грехе раскола, отказывался от управления Литовской епархией и просил принять его и его паству в юрисдикцию Русской церкви. Архиепископ Феодосий (Феодосиев) был почислен на покой, жил в вильнюсском Свято-Духовом монастыре. Однако весной того же года Феодосий (Феодосиев) сообщил Совету министров Литвы, что его письмо в Москву было ошибкой, что он выходит из подчинения митрополиту Елевферию (Богоявленскому) и создаёт временный епархиальный совет. 22 мая 1940 г. он послал письмо Константинопольскому патриарху, в котором писал, что по-прежнему считает себя главой Виленской епархии и просит принять его в юрисдикцию Константинополя. В следующем письме на имя председателя Совета министров Литвы Феодосий (Феодосиев) отмечал, что его обращение в Константинополь – это «первый шаг к независимости от Московского патриарха Сергия (Страгородскоого), не только Виленского края, но и всей исторической Литовской православной церкви». Феодосия Феодосиева) поддержал министр внутренних дел Литвы Казимир Иосифович Скучас, в непосредственном ведении которого находились вопросы религиозных отношений. Дальнейшие действия по объявлению автокефалии Литовской церкви стали невозможны, после того как в июне 1940 г. в Литву вошли советские войска. В августе 1940 г. Литва стала частью СССР. Митрополит Елевферий (Богоявленский) управлял Литовской и Виленской епархией РПЦ до своей кончины 31 декабря 1940 г. Затем полномочным представителем Московской патриархии в Прибалтике стал Дмитровский архиепископ Сергий (Воскресенский), 24 февраля 1941 г. назначенный митрополитом Литовским и Виленским, экзархом Латвии и Эстонии. Во время немецкой оккупации Литвы в ходе Второй мировой войны экзарх Прибалтики не прерывал связь с Москвой. В 1942 г. митрополит Сергий (Воскресенский) рукоположил во епископа Ковенского архимандрита Даниила (Юзвьюка), бывшего секретаря митрополита Елевферия (Богоявленскому). После убийства митрополита Сергия (Воскресенского) 29 апреля 1944 г. в должность временно управляющего Литовской и Виленской епархией и заместителя экзарха Прибалтики вступил в сане архиепископа Даниил (Юзвьюк), который исполнял эти обязанности до вступления в Литву Советской Армии летом 1944 г.