К 1961 г. число клириков епархии сократилось в сравнении с послевоенным больше чем в два раза и составляло 36 священнослужителей (из них шесть диаконов). В 1965 г. 15 приходов из 44 не имели своих священников. Летом 1962 г. последовало распоряжение о запрете получения епархией материальной помощи из патриархии. В 1946–1965 гг. в епархии закрыли около тридцати храмов, сняли с регистрации Марие-Магдалинский монастырь. Под негласным запретом было совершение таинств крещения и браковенчания, исполнение других церковных треб. В 1970 гг. в Виленской епархии насчитывалось около 30 священнослужителей, число прихожан составляло чуть более 12 тыс. человек. Естественные миграционные процессы (переселение жителей деревень в города) привели к тому, что в большинстве сельских храмов прихожан не осталось. В 1970–1980 гг. церковная жизнь была относительно активной только в крупных городах: Вильнюсе, Каунасе, Клайпеде, Шяуляе, а также в приграничных с Калининградской областью населённых пунктах Кибартай и Тяльшяй, в храмы которых приезжали верующие из соседней области РСФСР, где в то время не было ни одной православной церкви. В 1988 г. в епархии действовала 41 церковь. 11 марта 1990 г. было восстановлено независимое Литовское государство. По новой Конституции Литвы, православие вошло в число девяти традиционных для края конфессий, которым правительство республики ежегодно выделяет средства, распределяющиеся пропорционально числу верующих; среднегодовая помощь православной церкви из бюджета Литвы составляла около 60 тыс. долларов. По закону о возвращении собственности, епархии вернули часть недвижимости, которой она владела до 1940 г., в частности пять жилых многоэтажных зданий в Вильнюсе, несколько церковных зданий в провинции, жилые постройки, принадлежавшие отдельным приходам. Православным переданы Александро-Невская и Екатерининская церкви в Вильнюсе, Евфросиниевское кладбище, на котором возобновили Свято-Тихоновскую часовню; выделены средства на восстановление церкви великомученицы Параскевы Пятницы. В конце 1990 гг. в епархии освятили несколько новых храмов: во имя мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии в средней школе Клайпеды, во имя святителя Тихона в райцентре Шальчининкай, Иоанно-Предтеченский в Висагинасе. В 2002 г. в Паланге по проекту пензенского архитектора Дмитрия Александровича Борунова возведён храм в честь Иверской иконы Божьей Матери, по проекту того же архитектора в Клайпеде возводится Покровско-Никольская церковь, Никольский придел которой освящён в декабре 2002 г. В Висагинасе строится двухэтажный храм в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, в 2001 г. освящён Пантелеимоновский придел этого храма. Важнейшим событием в жизни православной Литвы стало посещение республики Патриархом Московским и всея Руси Алексием II 25–27 июля 1997 г., приуроченное к празднованию 650-летия кончины Виленских мучеников и 400-летия Свято-Духова монастыря. Президент Литвы Альгирдас Миколас Бразаускас вручил патриарху Алексию II высшую награду Литовской Республики – орден литовского великого князя Гедимина первой степени.