На Виленскую кафедру Польской автокефальной церкви был поставлен архиепископ Феодосий (Феодосиев). Виленская и Лидская епархия Польской церкви просуществовала до начала Второй мировой войны. После трёх месяцев заключения архиепископ Елевферий (Богоявленский) был выслан из Польши, уехал в Берлин. В апреле 1923 г. ему поступило предложение возглавить ту часть Виленской епархии, территория которой находилась в пределах Литовской республики. После приезда Елевферия (Богоявленского) в Каунас (Ковно) – временную столицу Литвы – на собрании представителей православных приходов был избран епархиальный совет из трёх священников и двух мирян. Совет ежегодно переизбирался, его состав утверждался департаментом вероисповеданий Министерства внутренних дел Литвы. Отношения между православной епархией и властями регулировались «Временными правилами отношений Литовской православной церкви с литовским правительством». В 1926 г. министр внутренних дел В. Пожела побуждал архиепископа Елевферия (Богоявленского) предпринять действия для приобретения Литовской епархией автокефалии. Архиерей отказался, ссылаясь на то, что управляет частью Литовской епархии, и вопрос о её судьбе можно решать только после возвращения Виленского края Литве. Поскольку присоединение территорий, оккупированных Польшей, было главной политической задачей Литовского государства, планы правительства по автокефалии были на время отложены. Осенью 1928 г. по приглашению Заместителя Местоблюстителя Патриаршего Престола митрополита Сергия (Страгородского) архиепископ Елевферий (Богоявленский) прибыл в Москву. На заседании Священного Синода он был возведён в сан митрополита, одновременно получив право «автономно-самостоятельно решать все вопросы, касающиеся церковно-административных интересов Литовской епархии». В 1930 г. митрополит Елевферий (Богоявленский) был назначен на должность временно управляющего западноевропейскими приходами РПЦ, 30 апреля утверждён в должности. Епархия в пределах Литвы была разделена на три благочиния: Каунасское, Панявежское и Шяуляйское. К 1920 гг. число православных храмов в крае резко сократилось: десятки храмов были разрушены или использовались под хозяйственные нужды, католической церкви, костёлы и монастыри, отнятые у католиков во второй половине XIX в., были возвращены. В 1920 г. в департаменте вероисповеданий Литвы было зарегистрировано десять православных приходов. После возвращения архиепископа Елевферия (Богоявленского) в Литву число приходов росло и к середине 1930 гг. достигло 31. В 1923 г. архиепископ Елевферий (Богоявленский) рукоположил пять священников, до 1930 г. – ещё пять, но священнослужителей не хватало. В 1923–1939 гг. в Каунасе издавалась газета «Голос Литовской православной епархии», публиковавшая статьи в защиту православия. С 1937 г., в ответ на создание в Каунасе миссии униатской церкви, газета выпускала специальное приложение об унии и её целях. В 1926 г. возобновило свою деятельность каунасское Свято-Никольское братство (существовало до 1940 г.), число его членов в 1930 гг. составляло 80–90 человек. Братство проводило лекции по религиозным и морально-этическим вопросам, выдавало пособия нуждающимся ученикам Каунасской русской гимназии, оказывало помощь бедным приходам, выдавало средства русскому скаутскому отряду для приведения в порядок могил русских воинов.