Первая книга «Сокровища православной веры» посвящена опровержению взглядов язычников и иудеев. Никита Хониат излагает здесь религиозную историю иудеев от Адама до Моисея, объясняет происхождение идолопоклонства, а также историю развития греческой религии и философских учений, в том числе Пифагора, Платона и Эпикура. Греческую культуру философии традиционно для христианства Никита Хониат ставит ниже Моисея, предполагая, что всё лучшее в своей учёности греки некогда заимствовали у иудеев. В завершение первой книги Никита Хониат описывает иудейские секты межзаветной эпохи: саддукеев, фарисеев, назореев, ессеев, иродиан, а также движение самаритян. По мнению Никиты Хониата, эти направления иудейской веры влияли на образование различных сект внутри христианства. Во второй книге Никита Хониат переходит к изложению христианского учения, говорит о Святой Троице, об ангелах и о человеке (в том числе поднимает вопросы различия души и духа, чувств и сил души, её деятельности и бессмертия, её происхождения и местопребывания в теле человека). В третьей книге Никита Хониат говорит о вочеловечении Бога Слова, приводя большое количество цитат из трудов отцов церкви, объясняющих это событие. Четвёртая книга посвящена описанию и опровержению 44 ересей древней церкви доникейской эпохи (или тех, которые существовали во времена Никиты Хониата и считались восходящими к доникейской эпохе). Часть его сведений о подобных движениях исследователи называют уникальными. Так, он отдельно рассматривает ереси гносимахов (отрицавших значение научного знания и учения и признававших пользу только добрых дел), танатопсихитов (отрицавших бессмертие души), христолитов (учивших, что Христос вознёсся на небо только Божеством, а тело оставил на земле), этнофронов (людей, внешне исповедовавших христианство, но преданных языческим суевериям и совершавших языческие обряды), парерменевтов (ложных толкователей Священного Писания). В книгах 5–16 содержится описание богословских споров эпохи Вселенских Соборов, от возникновения арианства до осуждения иконоборчества; из них издана лишь пятая книга. Книги 17–22 посвящены опровержению богословия армян, павликиан, богомилов, «сарацин» (т.е. мусульман) и латинян (католиков). В книгах 23–27 изложена история богословских споров в Византии эпохи Комнинов и Ангелов (конец XI – начало XIII вв.). Эту часть труда Никиты Хониата исследователи считают наиболее ценной как источник по истории византийского богословия, т.к. в ней описываются события, связанные с современными автору философско-богословскими движениями, которые плохо либо недостаточно подробно отражены в других трудах византийских богословов. Современные специалисты высказывали предположение о том, что книги 17–22 написаны не самим Никитой Хониатом, а Феодором Скутариотом. Однако этот вопрос (как и многие другие характеристики труда Никиты Хониата) нуждается в дальнейших исследованиях.