Исследователям ясно, что византийские администраторы, в том числе Никита Хониат, в этот момент мало что могли противопоставить военному напору крестоносцев. В сентябре 1189 г. в Филиппополе, уже занятом крестоносцами, Никита Хониат встречался с германским императором Фридрихом I Барбароссой, пытаясь путём переговоров остановить бесчинства крестоносцев на территории империи. Вернувшись в октябре 1189 г. в Константинополь, Никита Хониат сохранил доверие императора. В 1190 г. он получил придворный пост грамматика логофетов (должность из других источников исследователям неизвестна). Вскоре, уже в 1190 или в 1191 г., он был назначен судьёй вила (один из 12 членов коллегии высшего суда империи). Высший пост, который Никита Хониат занял в 1196/1197 г., – логофет секретов (соответствует главе правительства). Никита Хониат был богат, владел двумя домами в Константинополе; женился на представительнице знатной фамилии Велиссариотов. Сводные братья его жены Иоанн и Михаил поддерживали Никиту Хониата в его учёных занятиях. В августе 1203 г., во время второго большого пожара в осаждённом крестоносцами Константинополе, сгорел богатый дом Никиты Хониата в квартале Сфоракий. Никита Хониат переселился во второй, более скромный дом. В январе 1204 г. в осаждённом крестоносцами Константинополе началось восстание против императора Исаака II Ангела; 25 января в соборе Святой Софии состоялось многолюдное заседание различных представителей государства, синклита, церкви, воинов и горожан для избрания нового императора. Никита Хониат, присутствовавший на нём, пытался выступить в защиту Исаака II Ангела, убеждал, что смена правления в таких условиях не может привести к улучшению ситуации, но его не услышали. Охваченный гневом народ возвёл на престол императора Алексея V Дуку (Мурцуфла); Никита Хониат попал в опалу и лишился чина великого логофета и всех прочих званий. Захват Константинополя крестоносцами в апреле 1204 г. означал катастрофу его карьеры и личной жизни. Лишившись имений спустя несколько дней после прихода завоевателей, Никита Хониат вместе со своей семьёй и семьёй Велиссариотов с младшей дочерью на руках пешком покинул Константинополь и поселился в Силимврии (ныне Силиври, Турция), провёл там около двух лет, до весны 1206 г. Затем на несколько месяцев вернулся в Константинополь, как полагают исследователи, из-за угрозы нападения болгар на Силимврию. Окончательно Никита Хониат оставил бывшую столицу в конце 1206 г. или начале 1207 г. Переехал в Никею, ко двору императора Феодора I Ласкариса, где вновь обрёл высокое положение, сумел там обосноваться и прожил до своей кончины. В последние годы жизни Никита Хониат стал одним из главных идеологов создания Никейской империи и борьбы византийцев против латинского завоевания. Исследователям известны две его речи, обращённые к императору Феодору I Ласкарису, написанные до осени 1207 г. В Никее также была завершена работа над «Сокровищем православной веры», о чём Никита Хониат упомянул в прологе к трактату. В этот период Никита Хониат пережил смерть обоих братьев своей жены – Иоанна и Михаила, чему посвящена его речь. Дата смерти Никиты Хониата исследователям неизвестна. Михаил Хониат, написавший надгробную монодию в его честь, не оставил каких-либо указаний на время этого события. Современные исследователи определяют дату смерти по-разному – между 1208 и 1217 гг.