В 1769 г. над ракой была воздвигнута резная золочёная сень. В 1861 г. Синод разрешил ежегодно носить 26 мая раку со святыми мощами вокруг соборной церкви Калязинского монастыря. По материалам XIX в., 26 мая после малой вечерни мощи выставлялись на середину соборной Троицкой церкви. Во время всенощного бдения перед гробницей пелось величание при открытых царских вратах, прихожане прикладывались к мощам, и совершалось елеопомазание. На другой день всё духовенство калязинских церквей обходило монастырь при колокольном звоне. Кроме дней общецерковного поминания память Макария в монастыре праздновали 16 ноября (в честь тезоименитого Макарию святого евангелиста Матфея). До разорения монастыря в 1610 г., по свидетельству И.В. Кожина, по завещанию Макария из монастыря совершался крестный ход в село Кожино к могилам его родителей для их поминовения. После восстановления монастыря игумен Антоний хотел прекратить этот обычай, но И.В. Кожин обратился к патриарху Филарету (Романову), и тот специальной грамотой в 1632 г. возобновил крестный ход к могилам родителей преподобного. Однако спустя некоторое время обычай был забыт. Во второй половине XIX в. 1 июня ежегодно в селе Кожине служили панихиду. До середины XVI в. в селе стояла деревянная церковь – считалось, что в ней крестился и венчался Макарий. На её месте возвели новую деревянную церковь, а в 1732 г. был построен каменный храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы над могилами родителей, жены и других родственников святого и приделом во имя Макария. В начале ХХ в. там хранились деревянные венцы, которые почитали как венчальные Макария, нательный крест святого. Скорее всего, венцы, крест и икона, по преданию, принадлежавшая родителям преподобного, относятся к более позднему времени. Там же хранился золотой крест с частицами мощей нескольких святых, в том числе и Макария. У раки под стеклом находились два деревянных потира, два блюдца и дискос, которые, как полагают исследователи, Макарий использовал во время богослужения, а также подушка из нетолстого сукна, обретённая в его гробу при открытии мощей. Сохранялась и нижняя дубовая доска гроба преподобного. Среди предметов церковной утвари в Калязинском монастыре находились древний напрестольный крест, а также другой крест, дар Я.Н. Кожина, по преданию, находившийся в келье преподобного. В монастыре хранились принадлежавший ранее Кожиным «Пролог», которым пользовался Макарий, а также картина XVIII в., на которой было изображено родословное древо Макария (ныне в Калязинском краеведческом музее). Исследователям известно о существовании церкви во имя преподобного Макария на Московском подворье Калязинского монастыря в Черкасском пер. в Китай-городе, вблизи от Владимирской церкви. Почитали Макария и в Твери: в 1847 г. в тверской классической гимназии на средства дворян губернии в его честь была заложена домовая церковь. В начале XX в. мощи Макария почивали в соборной церкви, в арке между Троицким храмом и Спасским приделом. После закрытия в 1920 г. Калязинского монастыря рака преподобного была разграблена, а мощи Макария были переданы в местный краеведческий музей. В 1988 г. мощи были переданы в тверской храм во имя Святой Троицы («Белая Троица»). В 2012 г. крестным ходом по Волге они были перевезены из Твери в Калязин и помещены в церкви в честь Вознесения Господня.