Во второй половине XIX в. в обители были помещения и службы для поддержания немощных инокинь, существовала школа для девочек-сирот. При игуменье Евгении (Виноградовой) были открыты живописная школа, училище для девушек знатного сословия. Игуменья Евгения (Виноградова) организовала в 1907 г. запомнившийся москвичам праздник в честь 500-летия основания Вознесенского собора. К юбилею было написано много икон, и выпущены памятные металлические образки с её изображением на фоне Московского Вознесенского монастыря и с иконой Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» или «Успение Пресвятой Богородицы» на обороте в память о приделах Вознесенского собора. Исследователи полагают, что около 1907 г. была написана местная икона преподобной Евфросинии на фоне Спасской башни Московского Кремля и церкви великомученицы Екатерины (1817 г.), хранящаяся в церкви Воскресения Господня в Сокольниках. Дары, поднесённые монастырю: шитые икона с образом основательницы каменного собора преподобной Евфросинии и образ «Вознесение Господне» в настоящее время находятся в Музеях Московского Кремля. В августе 1918 г. сёстры были выселены из Московского Вознесенского монастыря, в октябре храмы опечатали, службы были прекращены. Монахинь во главе с игуменьей Евгенией (Виноградовой) перевели в Лефортовскую больницу. Постройки, церковная утварь, ризницы, иконы и иконостасы и проч. передали в отдел по делам музеев и охране памятников при Наркомпросе. В 1920 гг. здания монастыря использовали как хозяйственные, реже – как музейные помещения: в трапезной церкви преподобного Михаила Малеина была размещена выставка деревянной скульптуры. С февраля 1929 г. при Управлении комендатуры Кремля была создана комиссия, которая рассматривала вопросы сноса в Кремле различных зданий, в том числе комплекса обители. «Удручающий» облик построек Московского Вознесенского монастыря был признан причиной для их ликвидации. С июня того же года музейному отделу Наркомпроса предлагалось освободить здания от музейных ценностей. Летом были спешно проведены обмеры сооружений, прежде всего, Вознесенского собора; с 25 августа до 2 сентября 1929 г. демонтировали шестиярусный резной иконостас, из соборного некрополя вынесли саркофаги. Несмотря на усилия работников и руководителей Оружейной палаты (заведующего отделом «Памятники Кремля» Николая Николаевича Померанцева, архитектора Дмитрия Петровича Сухова), историков и учёных, например, главного хранителя Исторического музея Алексея Васильевича Орешникова, в ноябре-декабре 1929 г. комплекс построек Московского Вознесенского монастыря был снесён. С 1997 г. в Музеях Московского Кремля разработана научная программа по музеефикации южного придела Архангельского собора (для размещения сохранившихся икон и предметов из Московского Вознесенского монастыря) и обустройству подвала-крипты, древней палаты XV–XVII вв. для хранения белокаменных надгробий великих княгинь и цариц из Вознесенского собора. В 2010–2016 гг. силами археологической службы в Кремле и сектора археологии Москвы Института археологии РАН были проведены масштабные раскопки при разборке четвёртого административного корпуса, сооружённого на месте Московского Вознесенского монастыря, Чудова монастыря и Николаевского дворца (архитектором Иваном Владиславовичем Жолтовским). Эти работы позволили создать на территории бывшей обители археологический музейный комплекс.