Источники сообщают, откуда переходили в монастырь игуменьи: Иринархия (Темирязева) поступила в Московский Вознесенский монастырь из Новодевичьего московского в честь Смоленской иконы Божьей Матери монастыря, Евдокия (Челищева; ум. 11 августа 1718 г.) в начале 1710 г. была переведена из московского Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы монастыря, Евстолия (Лодыгина) в 1730 г. – из московского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря (до 1740 г.), Елена (Ржевская; 1740–1756 гг.) – из переславль-залесского во имя мученика Феодора Стратилата монастыря, Афанасия (Черкесова; ум. 18 августа 1861 г.) 31 мая 1820 г. – из московского во имя преподобного Алексия, человека Божия, монастыря, Паисия (Нудельская; ум. 25 января 1871 г.) в 1861 г. – из московского Новодевичьего монастыря, Сергия (Волконская) в апреле 1871 г. – из Бородинского во имя Нерукотворного образа Спасителя монастыря. Московский Вознесенский монастырь был традиционным местом пострижения представительниц царской семьи. Здесь проживала вызванная из Углича летом 1606 г. инокиня Марфа (в миру Мария Фёдоровна Нагая), которая встречала в монастыре Лжедмитрия I и его невесту Марину Мнишек за несколько дней перед свадьбой. Особое значение Московский Вознесенский монастырь приобрёл при первом царе из династии Романовых, Михаиле Фёдоровиче. Обитель стала своего рода резиденцией матери царя инокини Марфы. Здесь она проживала до кончины в 1631 г. По мнению исследователей, наиболее тесно с Московским Вознесенским монастырём были связаны те периоды её жизни, когда молодой царь вступал в брак. Инокиня Марфа устроила в Московском Вознесенском монастыре престолы во имя святых покровителей сына и мужа, царя – преподобного Михаила Малеина, мученика Феодора Пергийского («иже в Пергии») – покровителя боярина Фёдора Никитича Романова (Патриарха Московского и всея Руси Филарета). Исследователи полагают, что  был (где точно не известно) и особый придел в соборе «у инокини великой старицы Марфы Ивановны», упоминаемый в ладанных книгах с 1626 г. и, по мнению И.Е. Забелина, сохранявшийся до 1792 г. В Московском Вознесенском монастыре были погребены даже те из невольных пострижениц, кто не дождался царского венца. Исследователи полагают, что по приказу царя в Московском Вознесенском монастыре похоронили монахиню Параскеву, вторую жену (с 1574 г.) царевича Ивана Ивановича. По другим сведениям, она была погребена в московском в честь Усекновения главы святого Иоанна Предтечи монастыре. В обители похоронены две дочери царя Ивана V Алексеевича – Мария (1689–1692 гг.) и Феодосия (1690–1691 гг.), умершие во младенчестве. Сохранилась закладная кабала 1587/1588 г. старицы Прасковьи Ивановой, дочери Внукова, вдовы Алексея Ивановича Голохвастова, на пустоши Микулино и Тыркино Московского уезда. О количестве насельниц в середине XVII в. исследователи судят по сведениям о жертвах морового поветрия осенью 1654 г. Согласно донесениям на 3 декабря в монастыре были: «...Живых протопоп, 3 человека попов, 38 стариц, а умре 90 стариц», т.е. до эпидемии число монахинь достигало 128, служили в обители 4 священника («Дополнения к Актам историческим…», том 3). Записные книги приказа Тайных дел содержат предписание от 22 февраля 1674 г. о выдаче «в Вознесенской – игуменье чалбыш, Куракине Черкасской против игуменьи, 161 человеку – 10 белуг, 30 осетров» («Русская историческая библиотека», том 21).