Исследователи полагают, что к XIX в. были утрачены сведения о погребении великой княгини Елены Стефановны (Волошанки), скончавшейся, по сообщениям летописей, в 1483 г. Также исследователям не известно, где находится погребение одной из дочерей великого князя Ивана III Васильевича, княгини Евдокии Иоанновны, сестры великого князя Василия III Ивановича, выданной им замуж за крещёного татарского царевича Петра. Княгиня Евдокия умерла в феврале 1513 г. в молодом возрасте, оставив двух малолетних дочерей. В 1929 г. при разборке пола собора появилась возможность вынести саркофаги из предназначенного к сносу здания. Число древних захоронений оказалось вдвое больше, чем надгробных сооружений во внутреннем пространстве собора. После выноса из собора саркофаги были помещены в подвальную палату южной пристройки Архангельского собора Московского Кремля. С этого момента представилась возможность изучать содержимое саркофагов (костные и материальные останки), а также внешний вид погребений представительниц правящего дома и знатных семейств. Кроме того, во время археологических исследований на территории Московского Вознесенского монастыря исследователи обнаружили ряд находок, обогативших представление о прошлом Москвы и её укреплённого города в домонгольское время. Были найдены фрагменты изделий конца XII – начала XIII вв.: стеклянного перстня с прозрачным синим обручем и непрозрачным жёлтым щитком; красноглиняной амфоры, сделанной в Трапезунде. В конце XX в. с помощью судмедэкспертов проводилось изучение останков из погребений Московского Вознесенского монастыря и реконструировался портретный облик некоторых женщин из дома Калиты: преподобной Евфросинии (великой княгини Евдокии Димитриевны), великой княгини Софии Палеолог, великой княгини Елены Глинской, инокини Александры (царицы Ирины Фёдоровны Годуновой – автор всех портретов-реконструкций – Сергей Александрович Никитин). Опубликованы два тома из четырёхтомного исследования погребений, составлявших некрополь Московского Вознесенского монастыря.