В эпоху императора Петра I монастырь был отремонтирован. По подрядной записи от 26 марта 1719 г., выданной игуменье Венедикте (Пушкиной), костромские крестьяне из Патриаршего приказа должны были отремонтировать сестринские кельи, произвести «починку» каменной ограды между Московским Вознесенским монастырём и Чудовым в честь Чуда архангела Михаила в Хонех монастырём, которая «от ветхости обвалилась». С 1727 (?) г. в Московском Вознесенском монастыре проживала царица-инокиня Евдокия Фёдоровна, первая супруга царя Петра I. В 1731 г. на средства московского генерал-губернатора Василия Фёдоровича Салтыкова, родного брата царицы Параскевы Фёдоровны, вдовы царя Ивана V Алексеевича, к северному фасаду собора был пристроен придел в честь Успения Пресвятой Богородицы над погребением боярина Фёдора Петровича Салтыкова, отца ктитора. В 1732 г. на средства императрицы Анны Иоанновны при Вознесенском соборе был устроен придел в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» в память сестры императрицы, царевны Параскевы Иоанновны (ум. 9 октября 1731 г.). После московского пожара 1737 г. обитель была возобновлена на средства из пожалований императрицы Анны Иоанновны. С 1764 г. Московский Вознесенский монастырь – первоклассный необщежительный монастырь. Исследователи полагают, что  события второй половины XVIII в. (например, чумной бунт 1771 г.) привели к необходимости иметь в обители оружие: до 1810 г. под особенным шатром, устроенным императрицей Екатериной II, почти у самых ворот монастыря стояли четыре большие пушки, позднее сформировавшие Арсенал. В 1812 г. Московский Вознесенский монастырь пострадал от французской оккупации, но уцелел от полного разорения. Так, монастырский священник Иоанн Вениаминов сумел укрыть в соборе мощи святого царевича Дмитрия Ивановича. По инициативе игуменьи Трифены (Слепцовой) многие предметы церковного убранства были вывезены в Вологду и впоследствии были возвращены в Московский Вознесенский монастырь после освобождения города. Монастырь был обновлён. В 1815–1816 гг., при игуменье Трифене, царские врата и пять местных икон были украшены золотом, серебром, драгоценными камнями. Запрестольный четырёхконечный крест (большой, из 14 прорезных кругов) был украшен в 1816 г. сребропозлащенным окладом весом 7 фунтов 83 золотника на передней и оборотной сторонах. В крест были вложены многочисленные святыни и семейные реликвии жертвователей. Так, внутри «14 кругов» были укреплены малые кресты из металла и камня с частицами мощей (по мнению исследователей, кресты-«корсунчики»). Исследователи полагают, что  крест был сооружён по желанию игуменьи Трифены. В 1822 г., при игуменье Афанасии, была сделана бронзовая посеребренная чеканная с сенью рака для мощей благоверной княгини Евфросинии. Императоры и императрицы во время пребывания в Москве обязательно посещали Вознесенский собор Московского Кремля. В 1861 г. великая княжна Ольга Николаевна вложила в него полный набор священнических и диаконских облачений из серебряного глазета. В Музеях Московского Кремля сохранились одежды схимонахинь конца XIX в.: две схимы, епитрахиль (?), аналав. К одной из схим была приложена записка, согласно которой во время посещения Московского Вознесенского монастыря цесаревич Николай (впоследствии император Николай II Александрович), услышав рассказ о подвигах схимонахини Марии, поцеловал ей руку.