В ризнице Московского Вознесенского монастыря к началу XX в. хранились грамота на все монастырские владения времени царя Михаила Фёдоровича (1637 г.), выданная игуменьи Анастасии (Сабуровой), первая строка в ней была написана золотом; грамота царя Алексея Михайловича от 13 июня 1651 г. (текст без окончания и государственной печати) на имя игуменьи Александры, закреплявшая за обителью старинный двор в Кремле и огород за Покровскими воротами Земляного города; три выписки из монастырских книг: две были даны в 1682 г. игуменье Феофании (Пашковой) и подтверждали права монастыря на земельные владения в Белом городе на Кулишках и за пределами Земляного города Москвы, за Покровскими воротами, последняя выдана в 1688 г. игуменье Варсонофии (Бутурлиной) на владение в Хамовниках, полученное в обмен на старинное владение за Покровскими воротами. По сведениям 1699 г., «за Вознесенским девичьим монастырем, что на Москве», числилось в разных уездах 2127 дворов («Владения и крепостные крестьяне Русской Церкви в конце XVII в.». М., 1988 г.). Собор 1407–1467 гг. был разобран в 1518 г. «ветхости ради»; в том же году 10 августа был заложен храм, освящённый 9 мая 1521 г., в праздник Вознесения Господня, митрополитом Московским и всея Руси Варлаамом. В традиционной для подобных известий структуре летописного текста вместо великой княгини назван великий князь, что означает, как правило, использование для строительства средств из великокняжеской казны, а значит – пресечение традиции прямого покровительства великих княгинь монастырю. В то же время в летописях начала XVI в. Московский Вознесенский монастырь назван «монастырем великих княгинь», что исследователи трактуют не иначе как утвердившееся назначение к началу XVI в. его как усыпальницы. Строительство третьего каменного здания собора при царе Фёдоре Ивановиче было обусловлено теми же причинами, что и возведение прежних храмов и монастырей: пожарами в Москве. Так, в 1547 г. выгорел весь Московский Вознесенский монастырь, погибли десять стариц и всё церковное имущество, за исключением образа «Одигитрии», вынесенного из огня священником. Исследователи полагают, что это мог быть список, выполненный Дионисием. В пожаре 24 мая 1571 г. монастырь снова пострадал, погибли насельницы. Особую главу в истории Московского Вознесенского монастыря составляют события, связанные с чудесными явлениями 1521 г., свидетельницами которых оказались насельницы и прихожанки монастырских церквей, впоследствии описанные в «Никоновской летописи» и «Лицевом летописном своде» (1570 гг.). Известие озаглавлено «Видение необычно и милостивно инокине слепой» и связано с горячими молитвами москвичей в 1521 г. в ожидании набега крымских татар на столицу; чудесные явления происходили также по молитвам Василию Блаженному. Особенно пространным исследователи называют лицевой цикл, включающий девять миниатюр («Шумиловский том» // Российская национальная библиотека) – готовый «набор» композиций для житийного цикла (для иконописи или шитья).