В 1540–1550 гг. в обители был построен каменный Успенский собор. В период управления Русской церковью митрополитом Макарием (1542–1563 гг.) возобновился интерес к Марии Шварновне как члену правящей династии и основательнице Княгинина монастыря. В десятой главе VI грани «Книги Степенной» царского родословия говорится о преставлении Марии Шварновны и её погребении, «а в приделе Благовещения от севера на правои стране – великая княгини инока Марфа Щьварновна да великая княгини Анна, а на левои стране – мученик Авраамии...». В 1640 гг. в описи владимирских гробниц при перечислении погребённых «в девичье монастыре Успения Пречистыя Богородицы, в приделе Благовещения Пречистые Богородицы, на правой стороне» первым было отмечено, что здесь «лежит великая княгиня Мария Всеволожа, во иноцех Марфа». В рукописные сборники XVII–XVIII вв. помимо описания некрополей стали включать тексты с биографическими данными и рассказом о погребении Марии Шварновны, а также список жалованной грамоты 1642 г. Княгинину монастырю, в которой упоминаются погребённые там лица. В 1647–1648 гг. Успенский собор Княгинина монастыря был расписан на средства из патриаршей казны. Таким образом, как и в середине XVI в., возобновление интереса к Марии Шварновне, прежде всего, было связано с церковными, а не со светскими властями России. В конце XVII – XVIII вв. сведения о Марии Шварновне были включены в Летописец владимирского Успенского собора. Во второй трети XVII в. внимание к Марии Шварновне как матери великого князя мученика Георгия Всеволодовича развивалось в связи с канонизацией и расширением почитания её сына. Этот процесс ускорился по инициативе патриарха Московского и всея Руси Иосифа. 22 января 1645 г. в присутствии царя Михаила Фёдоровича, его супруги царицы Евдокии Лукьяновны, царевича Алексея Михайловича и патриарха Иосифа, брат которого Сергий был настоятелем владимирского Успенского собора, мощи святого князя были перенесены «из придела в соборную церковь Пресвятыя Богородицы и переложены в серебряную раку позлащенну». В начале Жития великого князя Георгия Всеволодовича подчёркивалось, что он был сыном «благоверные и христолюбивыя великия княгини Марии». В памятнике приводилось описание её семилетней болезни, последнего года жизни, создания Княгинина монастыря, пострижения, прощания перед смертью с сыновьями и погребения княгини. Мария Шварновна упоминалась и в Костромской редакции указанного Жития. По предположению Алексея Владимировича Сиренова, её автором мог быть Сергий (Шелонин), который в 1647–1648 гг. был настоятелем костромского Ипатиевского во имя Святой Троицы мужского монастыря, или один из его помощников и учеников. В этой редакции Жития отмечалось, что отец святого князя правил в согласии «с боголюбивою своею княгинею Мариею». Агиограф охарактеризовал родителей Георгия Всеволодовича как «блаженную и богосочетанную двоицу». Под влиянием поздних русских летописцев XVI–XVII вв. он ошибочно считал, что Мария Шварновна была чешского происхождения, отмечал, что её муж Всеволод Георгиевич «по смерти супружницы своея многодобродетельныя великия кънягини Марии, во ыноческом чине нареченная Марфы» прожил ещё 6 лет и 11 месяцев.