После кончины Марии Шварновны её имя было записано в синодик владимирского Успенского собора, а также в синодики других соборов и монастырей Владимирской епархии. Древнейшая часть несохранившегося раннего синодика Успенского собора позже была переписана при создании соборных синодиков других городов Северо-Восточной Руси. Так, например, в нижегородском Печерском в честь Вознесения Господня мужском монастыре (основан в 1330 г.) в состав помянника под киноварным заголовком «Великые кн(я)зи Владимерские и их кн(я)гини и дети» после погибшей 7 февраля. 1238 г. семьи Георгия Всеволодовича записали «Вєликую кн(я)гиню Мар(ь)ю, во иноцех Марфу» (Синодик Нижегородского Вознесенского Печерского монастыря 1552 г. Синодик опальных царя Иоанна Грозного. Нижний Новгород, 2009 г. (список 1556 г.); Российская государственная библиотека, выписка начала XIX в.), в помяннике «Благоверных великих княгинь» повторно указали память «великия княгини Марфы» (Российская государственная библиотека). В середине XIII – начале XV вв. владимирский Княгинин женский монастырь пользовался вниманием потомков правящей династии великого князя Ярослава Всеволодовича, которые нередко называли своих дочерей Мариями. Особую духовную связь с Княгининым монастырём имела Московская великая княгиня Евдокия Димитриевна (преподобная Евфросиния), которую сравнивали с Марией Шварновной. Старшая сестра Московской великой княгини была наречена Марией, как и одна из дочерей великого князя Дмитрия Ивановича Донского и великой княгини Евдокии Димитриевны, а также дочь великого князя Василия I Дмитриевича. В Лаврентьевской летописи 1377 г. и Симеоновской летописи, созданной в конце XV в. в Иосифовом Волоколамском (Волоцком) в честь Успения Пресвятой Богородицы мужском монастыре, подчёркивалось, что Успенский собор Княгинина монастыря «создала великая княгыня и блаженная Всеволожа» («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 2). В начале – середине XV в. Княгинин монастырь запустел (большой урон ему нанесло в 1410 г. нападение на Владимир рати Нижегородско-Суздальского великого князя Даниила Борисовича и ордынского царевича Талыча). Это не могло не сказаться на почитании Марии Шварновны. В конце XV – начале XVI вв. при создании новой редакции помянника «великих княгинь», живших в середине XIII – XV вв., где наиболее подробно был дан перечень их имён, имя Марии Шварновны внесено не было. Княгинин монастырь был возрождён в начале XVI в. (по грамоте 1512 г. Московского великого князя Василия III Ивановича он считался «новым»). Исследователи полагают, что к этому времени была возобновлена панихида по Марии Шварновне. В грамоте царя Ивана IV Васильевича Грозного клирикам владимирского Успенского собора, которую Александр Викторович Маштафаров датирует 1547 г. – началом 1550 гг., устанавливался порядок поминания почивающих во Владимире мощей святителей, великих князей, княгинь и их детей. Согласно грамоте, полагалось «правити по государеву указу средния понахиды против того как на Москве по удельных князех». Ежегодная панихида по Марии Шварновне должна была проходить 19 марта.