15 ноября 1844 г. Макарий прибыл в Оптин монастырь. Здесь он продолжил свою миссионерскую деятельность, т.к., по его мнению, российская провинция не меньше Алтая нуждалась в духовно-нравственном просвещении. Выяснилось, что даже городской голова не знает Символа веры, а из молитв помнит лишь «Вотчу» (так он именовал молитву «Отче наш»). По опыту зная, как «неизлишне быть миссионером и среди православных», Макарий решил сам обучать болховитян. «Это нам отца родного послал Господь! – рассказывал горожанин. – А посмотрели бы вы, сколько детей вокруг него! Сами бегут к нему со всего города. И всех их сам учит: иным раздаёт книжки, другим крестики даёт, иных ставит на молитву и учит молиться, других грамоте учить приказывает своим послушникам». Макарий проводил просветительные беседы с народом. Монастырь вместе с настоятельской квартирой обратился в подлинное училище благочестия. По воспоминаниям Марии Дмитриевны Францевой, воспитанницы семьи декабриста Михаила Александровича Фонвизина, болезни вынудили Макария просить Синод о разрешении устроить при келье домовую церковь. Не получив разрешения, он служил в своей келье всенощное бдение, на которое приходило множество горожан. После окончания службы Макарий садился на складной стул и беседовал с богомольцами. «Он до того возбудил во всём обществе доверие и любовь к себе и рвение к благотворительности, – сообщала М.Д. Францева, – что несколько дам посвятили себя на дело миссионерства и отправились на Алтай для заведывания школами и преподавания детям грамоты и слова Божия». Две «благоговейные и благочестивые девицы», как характеризовал их сам преподобный, Е.В. Варламова и А.Н. Романчикова, в апреле 1847 г. отправились служить в Улалу при Алтайской миссии. Архимандрит проводил их в путь, снабдив денежными средствами. По его совету на Алтай отправился и послушник Болховского монастыря Дмитрий Коновалов (впоследствии иеромонах Дометиан). При помощи друга священника Николая Лаврова Макарий положил 300 руб. в Сохранную казну Московского воспитательного дома «на вечные времена, как неподвижный капитал Церковной Алтайской миссии, учреждённой в Бийском округе Томской епархии». Весной 1847 г. он сообщал о. Николаю: «Если будете печатать Лепту и в отдельном виде песнь о преподобном Алексее, то на сорочке и сей последней напечатайте крупными буквами: в пользу Церковной Алтайской миссии». Впрочем, продавать книжки и, следовательно, назначать цены на них автор не предполагал.