На Алтае в полной мере раскрылся талант Макария как переводчика. Ещё в июле 1830 г. в Тобольске архиепископ Евгений (Казанцев) выдал начальнику Алтайской духовной миссии и его первым сотрудникам инструкцию, содержавшую целую миссионерскую переводческую программу: «Обращаясь между инородцами, рекомендовать ему, отцу архимандриту, и будущим с ним семинаристам учиться языку их и узнавать обычаи и веру их; и коль скоро достигнут достаточного познания языка их, переводить им на оный книги Священного Писания, во-первых, Новый Завет, Псалтирь и, кроме сих, Символ веры, молитву Отче наш, заповеди, катехизис и некоторые, по выбору, жития святых отцев». О трудностях в изучении многочисленных наречий народов Алтая свидетельствует запись Макария в путевом дневнике за 1830–1833 гг.: «Доселе мы как бы ходили по миру и побирались: накопляемое нами собрание татарских слов и речений уподоблялось суме нищего, в которой куски всякого хлеба, и мягкого и чёрствого, и пшеничного и ржаного, и свежего и загнившего, – всё без разбора смешано, и всё вместе составляет тяжёлую ношу… Таковы были наши добычи в знакомстве с различными наречиями, употребляемыми в различных племенах инородцев. Тут были сведения, почерпнутые из различных источников, какие мы встречали на пути своём… Тут были слова кумандинцев, черновых татар, телеутов, алтайцев». Через три месяца после приезда на Алтай Макарий уже приводил, «сколько возможно, в порядок слова и выражения наречий, употребляемых здешними иноверцами, и опыты в переводах с российского языка на оные». Впоследствии он составил лексикон, содержащий до 3 тыс. слов. За всё время пребывания на Алтае (1830–1844 гг.) Макарий при помощи переводчиков-толмачей перевёл на местное наречие, преимущественно телеутское, почти всё Евангелие, избранные места из книг Ветхого Завета, «Деяний святых апостолов» и апостольских посланий, в том числе полностью Первое послание апостола Иоанна Богослова, церковные песнопения и псалмы, важнейшие молитвы, Краткий катехизис Филарета (Дроздова), огласительное поучение, Символ веры, десять заповедей с толкованиями, краткую Священную историю, вопросы, задаваемые при крещении, и т.д. В 1885 г. протоиерей Василий Вербицкий писал о рукописях переводов Макария на алтайский язык, что, «взирая на огромные тетради переводов его на язык алтайских инородцев, нельзя не удивляться его неутомимой деятельности». В 1886 г. Бийский архиерейский дом был подожжён; по свидетельству миссионеров, в пожаре сгорели «горы рукописей» основателя миссии. Осознавая высокое значение миссионерской деятельности, Макарий заботился о полноценной подготовке будущих «веропроповедников». Когда в 1836 г. Синод предложил преподобному перейти в Иркутскую епархию для проповеди бурятам, Макарий отвечал, что желает «посвятить остатки сил приготовлению двух юношей... к плодоноснейшему проповеданию Евангелия не только язычникам, но и евреям и магометанам».