В 1829 г. Макарий составил «Историческое описание Глинской Богородицкой пустыни» (опубликовано в 1835 г. под именем Н.С. Самойлова), в котором значительное место отвёл деятельности игумена Филарета. В Глинской обители Макарий также написал несколько духовных стихотворений, впоследствии вошедших в сборник «Лепта». В начале 1829 г. М.А. Атлас, друг архимандрита, убеждал его: «Иди, проповедуй Евангелие сибирским язычникам, вот Святейший Синод ищет такого человека». 17 февраля 1829 г. по благословению старца Филарета Глинского Макарий подал Курскому и Белгородскому епископу Владимиру (Ужинскому) прошение о переводе в Иркутскую епархию для служения братии общежительных монастырей, отправлявшейся проповедовать Евангелие сибирским язычникам. Среди них были и несколько человек из Костромы, с которыми Макарий поддерживал переписку. На основании указа Синода о поступлении Макария в распоряжение архиепископа Тобольского и Сибирского Евгения (Казанцева) в июне 1829 г. он выехал в Москву. Здесь Макарий получил благословение Филарета (Дроздова) на новое служение. 30 сентября Макарий прибыл в Тобольск, на протяжении десяти месяцев занимался оформлением необходимых документов, подготовкой помощников, которыми избрал двух местных семинаристов: В. Попова, сына дьячка, и А. Волкова, сына священника. Перед Макарием встал вопрос выбора конкретного места служения. Первоначально Тобольский епископ Евгений (Казанцев), которому было поручено обратить Макария «на дело проповедания, где сие представится нужнее», предложил ему отправиться на север от Тобольска, в район Обдорска (ныне Салехард), к остякам (хантам) и самоедам (ненцам). Но суровый северный климат не подходил для слабых здоровьем Макария и В. Попова. Тогда Макарий высказался за южное направление, Кокчетавский военный округ (современный Казахстан), аргументировав выбор знакомством именно с языками тюркской группы. Однако генерал-губернатор Западной Сибири Иван Александрович Вельяминов воспротивился учреждению православной миссии среди киргизов, опасаясь возмущений местного населения. Тогда архиепископ Евгений (Казанцев) обратил внимание Макария на язычников-калмыков (в XIX в. так именовались южные племена Горного Алтая; северные племена назывались черневыми татарами), проживавших в Бийском округе Томской губернии. В Тобольске Макарий составил правила, определявшие взаимные отношения миссионеров. В основе лежали традиции иноческого общежития и старчества, воспринятые Макарием через иеросхимонаха Ливерия и глинских подвижников. Эти правила имели форму обещания миссионеров: «Желаем, да будет у нас всё общее: деньги, пища, одеяние, книги и прочие вещи; и сия мера да будет для нас удобностию в стремлении к единодушию. Желаем тому из нас, которому определением начальства будет поручено особенное попечение о деле проповедания, повиноваться по правилам иноческого общежития как в поручениях, относящихся к проповеданию, так и в других отношениях и случаях; он же должен во всех своих распоряжениях руководствоваться также правилами общежития иноческого и теми постановлениями, какие мы от начальства приимем за руководство в служении проповедания...» (правила, подписанные тремя будущими сотрудниками миссии, утвердил архиепископ Евгений).