Макарий представил также и «способ сего приготовления»: три – четыре года ему вместе с сотрудниками миссии (С. Ландышевым и М. Нигрицким) нужно находиться в Москве, чтобы в университете и других учебных заведениях «запастись благопотребными в миссионерской службе познаниями, например, познакомиться с арабским языком, оригиналом Алкорана, с естественной историей и физикой, с анатомией и другими науками медицинскими, не забывая между тем философских и богословских». В феврале 1838 г. Макарий подал прошение епископу Томскому и Енисейскому Агапиту (Вознесенскому) об увольнении в Россию «для поправки» здоровья и для того, чтобы объясниться перед высшим церковным начальством в Санкт-Петербурге, а также о дальнейшем служении в миссионерском звании. Готовясь к поездке в Санкт-Петербург, он составил миссионерский проект – «Мысли о способах к успешнейшему распространению христианской веры между евреями, магометанами и язычниками в Российской державе», в котором обобщил опыт своего служения. Первоначальный план подготовки миссионеров, предложенный им ещё в 1836 г., в этой работе был доведён до детально проработанной системы организации миссионерского дела в России. В январе 1839 г., накануне поездки в Санкт-Петербург, Макарий передал рукопись епископу Агапиту (Вознесенскому) для представления её в Синод. Как он сам объяснил, «для верного сохранения», поскольку «в пути… могу я и умереть». Другой список проекта вместе с русским переводом «Книги пророка Исаии», подготовленным в 1838 г., он послал императору Николаю I. 31 января 1839 г. Макарий выехал в Санкт-Петербург. Своё пребывание в столице он решил использовать не только для продвижения миссионерского проекта, но и для получения разрешения на издание Библии в русском переводе. Однако проект организации миссионерского дела в России не был одобрен Синодом. 14 апреля 1839 г. Синод постановил: прошение Макария «оставить без действия, рукописи возвратить к преосвященному Томскому при указе». Настойчивость, с которой Макарий ходатайствовал о публикации Библии на русском языке, привела к тому, что 11 мая последовал новый синодальный указ: Макарий должен отправиться к месту своего служения в Томской епархии с правом остаться в Москве на два – три месяца для лечения. В Санкт-Петербурге и Москве архимандриту удалось приобрести много новых знакомых и заручиться их поддержкой миссионерского дела. В Москве была собрана значительная сумма пожертвований на нужды Алтайской духовной миссии – около 10 тыс. руб. Кроме того, удалось найти двух новых сотрудников для миссии. Ими стали студент ветеринарного отделения Московской медико-хирургической академии Артемий Григорьевич Левицкий (впоследствии игумен Акакий) и Софья де Вальмон, выпускница Смольного института. 8 марта 1840 г. Макарий с новыми сотрудниками миссии покинул Москву.