Особой заботой архимандрита стало обучение алтайских детей грамоте, устройство для них миссионерских школ. В 1830 гг. основатель Алтайской духовной миссии открыл первые школы на Алтае: две – для мальчиков и одну – для девочек. Сотрудник миссии священник (впоследствии протоиерей) Василий Вербицкий, собрав в архиве Алтайской духовной миссии сведения о начале школьного обучения на Алтае, отмечал, что «с самого основания миссии в Улале и Майме были училища. Число учеников в исходящих и входящих бумагах не показано. Но только известно, что обучением девочек занималась девица София де Вальмон». В селении Майма помощница преподобного София де Вальмон, прибывшая в 1840 г., учила девочек чтению, пению и началам арифметики. Обучение мальчиков в обоих станах миссии вели алтайские миссионеры. Макарий сначала также занимался обучением детей в Майме и Улале. По воспоминаниям одного из учеников, он беседовал с ними на различные темы из Священной истории, разучивал и пел молитвы. После занятий Макарий играл с детьми, даже «бегал с ними взапуски». Учеником Макария был алтайский миссионер протоиерей Михаил Чевалков, который в своём «Памятном завещании» подробно рассказал об уроках преподобного. Миссионер Кондомского отделения Алтайской духовной миссии священник Иван Матвеевич Штыгашев писал в рапорте, что «школу архимандрит Макарий постарался теснейшим образом связать с жизнью, поставить так, чтобы она была душой и малых, и взрослых. Через детей он воздействовал на просвещение самих родителей. С этой целью ученье подано было так, что дети передавали своим родителям слышанное и выученное». С самого начала служения в миссии Макарий собирался создать алтайскую азбуку. Поскольку народы, населявшие Горный Алтай, ещё не имели национальной письменности, Макарий, изучив разные наречия, разработал на основе кириллицы алтайский алфавит. В миссионерских школах детей обучали алтайской грамоте, Закону Божию, церковному пению, арифметике. Сначала преподавание велось на алтайском языке, но со временем Макарий решил, что для приобщения инородцев к православной культуре необходимо «обучение новокрещёных грамоте не только природных наречий их, но и славянской и русской». На рубеже 1830 и 1840 гг. он составил «детскую книжицу» – букварь под названием «Начальное учение человеком, хотящим учиться книге Божественного Писания». В букварь кроме русско-славянской азбуки вошли краткий молитвослов и катехизис, состоящий из текстов Священного Писания на русском языке. В декабре 1841 г. Макарий отправил письмо Филарету (Дроздову) с просьбой помочь в «изыскании средств на напечатание сей книжицы». В том же письме он сообщал: «Миссия приготовляет для представления церковному начальству сообразную сей славянской и русской азбуке азбуку на телеутском наречии, которое в близком сродстве со всеми другими наречиями здешних инородцев и для всех их понятное». Однако издать «детскую книжицу» миссионеру так и не удалось. В ответном письме Филарет (Дроздов) объяснял: «С Вашим «Начальным учением» не знаю что делать. Теперь более, нежели когда-либо, возбраняют заменять славянское русским» (первый печатный алтайский «Букварь для обучения детей крещеных алтайских инородцев церковному и гражданскому чтению» был издан лишь в 1868 г.).