25 июля 1790 г., после кончины иеромонаха Исаакия, пустынь возглавил иеромонах Серафим (Желябужский; ум. в 1801 г.). По его настоятельным просьбам указом императора Павла I от 18 декабря 1797 г. обители приписывались 13 десятин 1890 сажён земли в Белёвском уезде, мельница и рыбные ловли на реке Шиворони в Тульском уезде, а также выделялось «милостивое подаяние на вечные времена» в размере 300 руб. ежегодно. В 1800 г. иеромонах Серафим отказался от управления пустынью по старости, но остался проживать там на покое. В описи 1800 г. упомянуты каменный с деревянными крышей и главой Введенский собор, каменная тёплая церковь в честь иконы Божьей Матери «Знамение» (1793 г.), «при ней над святыми вратами колокольня каменная с колоколами, покрыта тёсом», деревянные настоятельские и братские кельи, житенный амбар, скотный сарай, ледник, конюшня, каменная ограда. При строителе (1802–1805 гг.) иеромонахе Савватии начался ремонт Введенского собора, были построены каменный келейный корпус, каменная трапезная, устроено множество хозяйственных построек, а также введён общежительный устав. Для регламентации монашеской жизни в Макариевом Жабынском монастыре иеромонах Савватий составил подробное расписание блюд общей трапезы на каждый день, ввёл ряд мер дисциплинарного порядка, а также добился перемещения с монастырской земли четырёх дворов бобылей, поселившихся там незаконно. В 1803 г. указом Синода для установления общежития было определено: «...Выдаваемую обители... сумму 300 рублей и суммы от доброхотных подаяний употреблять на содержание монашествующих, общую пищу, покупку платьев; сборы, получаемые на отправление молебнов и другие, делить братии поручно». В 1821–1855 гг. монастырь возглавлял строитель игумен Венедикт (Краснопевцев; ум. в 1855 г.), брат киевского старца преподобного Парфения (Краснопевцева). В 1822 г. он ходатайствовал перед Тульским епископом Дамаскином (Россовым; ум. в 1855 г.) о выдаче книги для сбора пожертвований «на поправку... ветхостей» (Государственный архив Тульской области). Благодаря авторитету братьев, купцы и другие благотворители стали помогать обители. Так, значительные суммы жертвовала графиня Анна Алексеевна Орлова-Чесменская, что позволило игумену развернуть строительные и ремонтные работы. К середине XIX в. почитание преподобного Макария прекратилось, наименование «Макариевская» уже редко встречалось в монастырской документации, «не сохранилось определённого известия о месте его погребения». В 1815–1816 гг. рядом с колодцем Жабынец вместо деревянной Никольской часовни строился каменный Никольский храм. При копании рвов под фундамент церкви насельники обрели некий гроб (по другой версии, три гроба), который посчитали гробницей преподобного Макария, и стали служить панихиды. По монастырскому преданию, останки были «честно опущены в землю» под алтарём Никольского храма, освящённого 18 ноября 1818 г. С этого времени Никольский, а не Введенский храм стал считаться местом погребения основателя монастыря. Возобновление почитания преподобного Макария связано с деятельностью игумена Ионы (Белобородова; 1814–1895 гг.), родившегося 22 января, в день памяти преподобного. В 1875 г. он возглавил Макариев Жабынский монастырь, собрал известия об исцелениях по молитвам к преподобному Макарию и в 1879 г. в Никольской церкви над предполагаемым местом его погребения поставил деревянную гробницу.