В 1314 г. уже новгородцы арестовали наместников Михаила Ярославича и ходили «ратию к Твери» в отсутствие находившегося в Орде князя. Попытки новгородцев посадить на стол Московского князя в 1316 г. привели уже к военному конфликту. 10 февраля Михаил Ярославич, который пришёл «со всею Низовьскою землею и с Татары» («Новгородская Первая летопись»), разгромил у Торжка новгородское войско. Наместник Юрия Данииловича, его брат Афанасий и новгородские бояре оказались в заложниках в Твери. «Кремник» Торжка Михаил Ярославич «повеле разнести» («Полное собрание русских летописей», том 15, выпуск 1). После этого была составлена новгородско-тверская договорная грамота (докончание), которая не сохранилась, а в 1317 г. была заменена другой, писавшейся при новом посольстве архиепископа Давида. Новгородцы выплатили за находившихся у Михаила Ярославича «в тали» (заложников) значительные средства. Церковная политика Михаила Ярославича в период его великого княжения отражена в письменных памятниках, по мнению исследователей, недостаточно полно. В 1305 г., когда умер митрополит Максим, от Северо-Восточной Руси на поставление новым митрополитом в Константинополь отправился игумен Геронтий. Одновременно (или несколько раньше) в Константинополь поехал Пётр как кандидат на Галицкую митрополию (см. Галицкая епархия), который, однако, был поставлен на Киевскую митрополию. События, развернувшиеся далее, известны исследователям из «Жития митрополита Петра», в котором Михаил Ярославич не упоминается ни прямо, ни косвенно. Тем не менее, сложилось представление, что игумен Геронтий был непосредственной кандидатурой великого князя. Аргументом в пользу этого служила информация, сохранившаяся в посланиях Константинопольского патриарха Нифонта I (1310–1314 гг.) и монаха «Богородицкой лавры» (тверского Отроча монастыря) Акиндина к Михаилу Ярославичу. Из посланий исследователи сделали  вывод, что Пётр на митрополичьей кафедре был для Михаила Ярославича нежелательной фигурой. В послании патриарха Нифонта I говорится о том, что великий князь вправе обвинять митрополита и ждать разбирательства от патриарха, по результатам которого, пишет Нифонт, если тот не исправится, «другого поставим, кого въсхочет твое боголюбьство». В Киприановской редакции Жития о Геронтии говорится, что «не достоит миряном избрания святительския творити». Эта информация свидетельствует о том, что он был кандидатом Михаила Ярославича. Акиндин также писал князю (возможно, из Константинополя, куда он был им послан) об обличении грешного митрополита как не только о возможном, но и о должном для великого князя: «Ты истязан имаши быти на страшнем и нелицемернем судищи Христове, аже смолчиши митрополиту». Прерогативы великого князя уподобляются прерогативам императора, в том числе и в отношении церкви. Тем не менее, никаких исключительных действий со стороны Михаила Ярославича по отношению к митрополиту Петру не последовало. В конце 1310 г. или в начале (до марта) 1311 г. состоялся церковный Собор в Переяславле. Основным обвинителем выступал Тверской владыка Андрей. Обвинения касались симонии и разрешения браков вплоть до четвёртой степени родства. Примерно в это же время было отправлено послание Михаила Ярославича к патриарху Нифонту I (о чём говорится в его послании). Ответная грамота патриарха должна была быть написана и отправлена не позднее 1312 г., т.к. в ней говорится о великой княгине, матери Михаила Ярославича, как о здравствующей (преподобная Ксения умерла в 1312 г.).