Церковь Святой Софии была возведена между 1351 и 1365 гг. деспотом Мореи Мануилом Кантакузином у входа в верхний город. На капители одной из колонн находится монограмма Мануила. У входа в храм некогда были расположены портреты Мануила, о чём исследователям известно из описания французского любителя древностей XVIII в. К.Л. Фурмона. В 1365 г. указом патриарха храм был преобразован в кафоликон монастыря. Церковь стала местом захоронения двух членов императорской семьи: первой жены Константина XI Палеолога Феодоры Токко (ум. в 1429 г.) и жены деспота Мистры Феодора II Палеолога Клеофы Малатесты (ум. в 1433 г.). Во время турецкого правления церковь была переоборудована в мечеть. До начала реставрации в 1938 г. находилась в полуразрушенном состоянии. Археолог Анастасиос Орландос восстановил купол и северную колоннаду здания. Исследователи отмечают, что архитектура храма Святой Софии близка к архитектуре церкви Богородицы Перивлепты в Мистре. Это – крестово-купольный храм с широким притвором, увенчанным куполом. Относительно низкий центральный купол поддерживают четыре колонки. Северный и западный фасады украшены колоннадами. С северной стороны также расположена двухэтажная башня, имевшая первоначально три этажа. С северо-востока и юго-востока к храму примыкают две капеллы, квадратные в плане. Сохранившиеся фрагменты фресок позволяют исследователям говорить о том, что программа росписи храма была также близка к росписям церкви Богородицы Перивлепты. Исследователи полагают, что они также были выполнены во время правления Мануила Кантакузина в Мистре (1349–1380 гг.). В конхе центральной апсиды находится образ Христа на троне, ниже сохранились фрагменты сцен евхаристии со святителями. В своде вимы было расположено «Вознесение», остальные двунадесятые праздники и сцены «Страстей Христовых» находились на сводах и стенах центрального подкупольного пространства. Фрагменты фресок с изображением Христа и праздников сохранились также в боковых капеллах. Монастырь иконы Пресвятой Богородицы Перивлепты расположен к юго-востоку от внешнего угла городской стены. Время постройки монастыря исследователи определяют обычно на основании рельефного изображения двух львов на окне южного фронтона храма. Это – фамильная монограмма Изабеллы де Лузиньян, супруги деспота Мануила Кантакузина, правившего в Мистре в 1349–1380 гг. Исследователи полагают, что Мануилу и его супруге можно приписать безымянное изображение четы донаторов на фреске в нише западной стены храма. Стилистические особенности фресок храма исследователи связывают с третьей четвертью XIV в. Кафоликон монастыря (храм Богородицы Перивлепты) представляет собой крестово-купольную церковь с одним куполом, несколько удлинённую по оси «восток-запад».