Множество мужчин из Мистры от 17 до 50 лет были схвачены и отправлены служить на венецианские галеры. В 1688 г. в качестве мести за сопротивление завоевателям, которое оказала Мистра, 2 тыс. горожан были проданы в рабство. По условиям Карловицкого мирного договора 1699 г. Венеция закрепила за собой часть завоёванных земель; было образовано королевство Морея, подчинённое Венеции. Мистра в этот период оставалась провинциальным городом; центры королевства находились в Монемвасии и Коринфе. Греческому населению было сохранено право исповедовать православие, но взаимоотношения новых правителей с подданными были напряжёнными. В греческих храмах, подчинённых Константинопольской православной церкви, продолжали поминать на литургии османских султанов. Установленные новыми властями налоги намного превышали те, что платились при турках. Кроме того, венецианцы стремились подавить местное ремесленное производство в пользу развития импорта из Италии. В начале 1715 г. турки быстро завоевали Морею, победив венецианцев. Мистра вновь стала резиденцией паши Пелопоннесского санджака. В начале 1770 г., во время Русско-турецкой войны (1768–1774 гг.), на Пелопоннесе русская эскадра высадила десант из 800 человек во главе с Фёдором Григорьевичем Орловым. Соединившись с несколькими тысячами поддержавших их греков, русские вскоре захватили некоторые крепости, в том числе Мистру. Турецкий гарнизон Мистры сдал город с условием права выхода из города для турок и их семей. Те из мусульман, которые остались в городе, были убиты. Город находился под контролем восставших несколько месяцев, административные функции были переданы греческому митрополиту в Мистре. Летом 1770 г. город вновь захватила турецкая армия, подвергнув его разграблению; большое число местных греков бежали; население Мистры сократилось до 8 тыс. человек. В 1821 г., с началом Греческой войны за независимость, Мистра (как и весь Пелопоннес) перешла под контроль восставших. В ходе карательной кампании в сентябре 1825 г. город был разрушен египетско-турецким войском Ибрагим-паши. Только в 1827 г. повстанцы овладели городом, но Мистра как городское поселение уже не сумела возродиться. Вскоре Мистра вошла в состав Греческого государства, но с 1834 г. началось строительство нового города – Спарты, неподалёку от Мистры; к середине XIX в. Мистра была почти полностью покинута жителями, оставшись памятником Средневековья.