О том, какое развитие учение Маркиона получало у его последователей, сохранились лишь отрывочные сведения. Из сообщений ересеологов исследователям известно, что уже среди ближайших римских учеников Маркиона возник спор о числе и природе первоначал: Апеллес учил о едином начале, Потит и Василик – о двух началах (как и Маркион), а Синерос вводил три начала. Последующие маркиониты создавали новые концепции начал, вследствие чего в сочинениях церковных писателей пересказывается ряд не совпадающих друг с другом схем, точная атрибуция которых тому или иному представителю маркионитства для исследователей затруднительна. Наиболее своеобразным и богословски разработанным исследователи считают учение Апеллеса, который (как полагают исследователи, под влиянием общения с гностиками) отказался от представления о двух началах и учил о происходящих от единого высшего Бога божественных силах, или ангелах, объявлял мир творением одной из этих сил и утверждал, что Христос пришёл в мир, чтобы освободить падшие в материальный мир души, сотворённые высшим Богом, от телесности, которая является злым и несовершенным творением низшего ангела. Другие последователи Маркиона стремились сохранить его изначальное дуалистическое учение, однако для объяснения природы тварного мира и происхождения зла вводили разного рода дополнительные начала. Все маркиониты признавали существование благого трансцендентного Бога в качестве одного из первоначал, однако расходились в представлениях о противоположных Ему других началах. Бог Ветхого Завета, Которого Маркион считал вторым первоначалом, разделялся у некоторых маркионитов на злого бога и справедливого бога; справедливый бог иногда объявлялся посредником между трансцендентным благим богом и богом-демиургом; в других системах таким посредником считался Христос или дьявол; творение могло признаваться как делом справедливого бога, так и делом злого бога или дьявола; иногда в качестве самостоятельного принципа выделялась вечная материя, и т.п. В позднем маркионитстве теология подверглась довольно сильной мифологизации; для объяснения представлений о божественных началах, творении мира и спасении нередко вводились понятия и образы, заимствованные не из Ветхого и Нового Заветов, а из восточных религий или гностических систем.