По мнению исследователей, упадок маркионитства и его последующее исчезновение были обусловлены несколькими факторами. Важное значение имела успешная антимаркионовская полемика православных церковных писателей, в результате которой число новообращённых приверженцев учения Маркиона из числа христиан неуклонно уменьшалось. Многие сторонники маркионитства переходили из него в другие еретические течения и группы. Из христианских ересей на раннем этапе развития маркионитства наиболее привлекательной альтернативой ему были гностические школы, представители которых вели полемический диалог с маркионитами. Показательным примером сближения гностических и маркионовских представлений исследователи называют гностический трактат «Апокриф Иоанна», в котором повествуется о творении материального мира «злым богом» Ялдаваофом и о спасении избранных душ Христом. Поскольку невозможно точно датировать этот и многие другие содержащие дуалистические представления гностические тексты из библиотеки Наг-Хаммади, исследователи предполагают как наличие некоего влияния маркионитства на гностицизм, так и использование Маркиона и гностиками общих восточных источников. Для приверженцев маркионитства привлекательность гностицизма заключалась в том, что в гностических системах предлагались подробные объяснения происхождения и природы мира и человека, отсутствовавшие в маркионитстве. Ещё одной еретической альтернативой маркионитству стало возникшее в III в. манихейство. Некоторые учёные считают, что на формирование взглядов основателя этого религиозного течения Мани оказало влияние среди прочего и учение Маркиона, однако манихеи рассматривали маркионитов как последователей ложной религии, вели с ними полемику и стремились обратить их в свою веру. Существование и распространение маркионитства на территории Римской империи с середины IV в. было затруднительным также из-за религиозной политики императоров, поддерживавших православную церковь и объявлявших вне закона противостоявших ей еретиков. Так, уже император Константин I Великий (306–337 гг.) в приводимом Евсевием Кесарийским указе, адресованном еретикам (помимо маркионитов в нём упомянуты новациане, валентиниане, павлиане), повелевал: «Молитвенные дома всех еретиков, если только можно назвать их молитвенными, отобрать без сопротивления и немедленно передать кафолической Церкви, прочие же места отписать в государственную казну..., с настоящего дня беззаконные ваши общины да не дерзают делать собрания ни в каком месте, ни в общественном, ни в частном».