Между 1937 и 1939 гг. к Апостольской администрации Лемковщины присоединились несколько лемковских сёл Леского повета, образовавшие Леский деканат. В сентября 1939 г. большая часть территории Апостольской администрации Лемковщины вместе с центром городе Санок была оккупирована немецкими войсками. К новообразованной Дрогобычской области Украинской ССР отошли восточные деканаты Апостольской администрации Лемковщины. Деканаты, оказавшиеся в Бирчанском, Лесковском и Устрико-Дольновском районах, в 1939–1941 гг. подчинялись епископу Перемышльскому, кафедра которого также оказалась на территории Дрогобычской области. С того времени до 1941 г. советско-немецкая граница разделяла большинство приходов Апостольской администрации Лемковщины и Львовскую униатскую митрополию. По распоряжению Андрея (Шептицкого) временное управление находившейся в составе немецкого Генерал-губернаторства частью Перемышльской епархии осуществлял её викарий епископ Григорий Лакота, кандидатура которого была одобрена украинскими деятелями. Что касается главы Апостольской администрации Лемковщины Иакова Медвецкого, то его деятельность вызывала недовольство украинских общественных организаций. Немецкая власть приписывала Иакову Медвецкому проведение «полонизационной политики», характеризовала его как «дружественного полякам москвофила». Оккупационные власти ставили вопрос перед Украинским центральным комитетом во главе с лемком Владимиром Михайловичем Кубийовичем и перед другими украинскими организациями об устранении Иакова Медвецкого с должности администратора. Для этого в Апостольской администрации Лемковщины была создана должность генерального викария, на которую 10 июня 1940 г. назначили проукраинского священника Александра Малиновского, бывшего вице-ректора Львовской духовной семинарии. Несмотря на сопротивление многих клириков, он осуществлял украинизационные нововведения. Важной мерой по принуждению руководства Апостольской администрации Лемковщины к проведению украинизаторской политики стало создание 30 сентября 1940 г. по инициативе Ивана Ивановича Огиенко (см. Иларион (Огниенко)) православной Краковской и Лемковской епархии (в отдельных документах – Краковско-Лемковско-Галицкая епархия; после оккупации немцами Львова в название кафедры было добавлено слово «Львовская» в соответствии с указом митрополита Дионисия (Валединского) от 17 августа 1941 г.), на которую 15 января 1941 г. был наречён, 9 февраля хиротонисан украинский национал-демократ архимандрит Палладий (Выдыбида-Руденко). Почётными свидетелями при его архиерейской присяге выступили лидеры Украинского центрального комитета В.М. Кубийович и Н. Садовский, которые поддержали создание православной кафедры для Лемковщины как один из способов давления на униатское священноначалие и духовенство с целью его подчинения украинским деятелям Галичины. Серьёзное влияние на церковно-общественную жизнь Апостольской администрации Лемковщины оказал приезд на Лемковщину в 1939–1940 гг. около 50 униатских священников украинской националистической ориентации, бежавших из ставшей советской Восточной Галичины.