В 1944 г. в ходе боевых действий в горной части Лемковщины погибли клирики Апостольской администрации Лемковщины Дамиан Дзяма и Михаил Семён. 26 февраля 1945 г. Александр Малиновский переехал во Врублик-Шляхетски. Там он провёл 20 марта того же года последнюю в истории Апостольской администрации Лемковщины конференцию духовенства всех деканатов. Создал новый капитул для Апостольской администрации Лемковщины, который вместе с администратором работал в Саноке в апреле-сентябре 1945 г. С 1945 г. ряд клириков Апостольской администрации Лемковщины были арестованы за связи с украинскими националистами, имели место расправы над униатским духовенством, осуществлявшиеся польскими силовыми структурами в рамках карательных операций против украинского националистического подполья. Так, в 1945 г. были убиты священники в сёлах Залуж, Лубно, Издебки, Коньске; в следующем году погибли клирики в сёлах Карликув, Команьча и Воля-Нижна. Упадок церковной жизни на Лемковщине был обусловлен первыми переселениями лемковского и украинского населения Польши на Украину (в рамках советско-польского договора о репатриации), имевшими место с ноября 1944 г. по июнь 1946 г. В апреле-июле 1947 г. в рамках акции «Висла» вглубь Польши были переселены 20 священников Лемковщины. В ходе этой операции в Польше были арестованы и отправлены в концлагерь Явожно 25 греко-католических священников, из них 13 клириков Апостольской администрации Лемковщины, в большинстве случаев обвинённых в сотрудничестве с Украинской повстанческой армией (почти во всех случаях обвинения не были доказаны). В середине сентября 1945 г. под давлением властей перестала существовать курия Апостольской администрации Лемковщины, Александр Малиновский уехал в Чехословакию, затем в Германию. Обязанности администратора выполнял генеральный викарий священник Ядловский, который весной 1946 г. отбыл в Чехословакию. Одновременно с ним Польшу покинул другой генеральный викарий, священник Подгорбий. В 1946–1947 гг. на Лемковщине оставался третий генеральный викарий – Андрей Злупко, который и управлял приходами Апостольской администрацией Лемковщины. В начале апреля 1947 г. примас Польши карднал Август Глонд официально утвердил священника Андрея Злупко как генерального викария с правами управления приходами Апостольской администрации Лемковщины. Его заместителями были назначены священники Владимир Гайдукевич и Павел Шуфлят. В июне 1947 г. Андрей Злупко покинул Лемковщину из-за начавшейся операции «Висла» и переехал в Костомлоты под Вроцлавом, объявив о передаче своих полномочий Павлу Шуфляту, который исполнял обязанности главы Апостольской администрации Лемковщины, имея в помощниках декана Мушинского округа Стефана Дзюбину, до 26 июня 1947 г., когда в ходе операции «Висла» был вывезен в польский концлагерь в Явожно. Апостольская администрация Лемковщины фактически прекратила существование. В условиях репрессий и депортаций лемков в 1946–1947 гг. униатские храмы занимали римско-католические священники, которые устраняли иконостасы из церквей и преобразовывали их в «филиальные» костёлы своих приходов.