В обращении за апрель 1935 г., опубликованном в журнале «Вести Апостольской администрации Лемковщины», просил не допускать украшения икон украинскими рушниками, запрещал петь украинское духовное песнопение «Боже великий единый» и использовать храм для политических целей. Василий Масцюх избегал совместных богослужений с униатским Перемышльским епископом Иосафатом Коциловским, чаще сослужил с римско-католическим епископом Тарновского диоцеза Ф. Лисовским. При поддержке Василя Масцюха в Крынице в 1934–1936 гг. выходила газета «Лемко», был издан первый лемковский букварь. После кончины Василия Масцюха исполняющим обязанности администратора в марте-июле 1936 г. был канцлер и референт Апостольской администрации Лемковщины священник Иоанн Полянский, один из инициаторов русинского движения на Лемковщине, настоятель церкви в селе Врублик-Крулевски. 13 июля 1936 г. главой Апостольской администрации Лемковщины был назначен священник Иаков Медвецкий, бывший сотрудник Станиславовского епархиального капитула. Он усилил борьбу с распространением православия на Лемковщине. В 1937 г. были созданы монастыри василиан в сёлах Врублик-Крулевски и Беско. В 1937 г. Иаков Медвецкий запретил клирикам Апостольской администрации Лемковщины распространять в приходах украинские светские периодические издания (в первую очередь, издававшиеся Иосафатом Коциловским в Перемышле газету «Украинский Бескид» и журнал «Наш лемко», в которых Иакова Медвецкого обвиняли в чрезмерной зависимости от польских властей). Иаков Медвецкий усилил борьбу с политизацией церковной жизни, при нём клирикам Лемковщины фактически было запрещено заниматься политической деятельностью. Распоряжения Иакова Медвецкого были встречены протестами общин в сёлах Карликув и Плонна, которые в 1936–1937 гг. неоднократно вступали в конфликт с руководством Апостольской администрации Лемковщины и обращались к Иосафату Коциловскому с просьбами о переводе их в Перемышльскую епархию. В 1936–1937 гг. санокское отделение Украинского национально-демократического объединения обвинило Иакова Медвецкого в подрыве единства Галицкой униатской митрополии и в «церковном сепаратизме» (исследователи полагают, что основанием для этого послужили идеи преобразования Апостольской администрации Лемковщины в самостоятельную епархию и рукоположения Иакова Медвецкого во епископа, распространявшиеся в 1937–1938 гг. генеральным наместником Ордена иезуитов Влодзимежем Ледуховским). Под давлением польских властей в 1936 г. Лемковщину покинул главный деятель украинского движения среди духовенства – священник Иоанн Качмар, в знак протеста против деятельности Иакова Медвецкого из края уехали священник Дмитрий Ступак, Антоний Новосад и др. В 1938–1939 гг. на Лемковщине имели место репрессивные меры польских властей против клириков, связанных с различными украинскими организациями, в ходе которых в польский концлагерь в городе Берёза-Картуска (ныне Берёза, Белоруссия) были заключены священники Павел Шуфлят, Владимир Гайдукевич, Иван Булат, Иван Юрчинский, Иван Фенич, Павел Вах и др. 1 мая 1938 г. центр Апостольской администрации Лемковщины был перенесён в город Санок.