Существовал затяжной конфликт между двумя группами лемковских клириков: духовенством проукраинской ориентации и духовенством «старорусской» ориентации, которому украинские националистические деятели Галичины присваивали ярлыки «русофилов» и «москвофилов». Среди лемков почитались как исповедники священники, ставшие жертвами австро-венгерского концлагеря в Талергофе. Сторонники Иосафата Коциловского называли их «москвофилами» и «российскими агентами». Инициированная Иосафатом Коциловским украинизация церквей Лемковщины, массовое устранение с приходов Лемковщины «старорусски» ориентированных священников, попытки изъять из церковного обихода слово «православный» с заменой его на «правоверный», латинизация богослужения – всё это привело к созданию для лемков отдельной церковной единицы во избежание новых переходов духовенства и верных в православие. В учреждении Апостольской администрации Лемковщины были заинтересованы также польские власти, которые поддерживали представление лемков о себе как об отдельном этносе, желая не допустить распространения в регионе украинских националистических идей. Вопрос о лемковской национальной самоидентификации особенно остро стоял в 1918–1920 гг., когда существовали две лемковские республики: проукраинская Восточнолемковская Республика с центром в Саноке (ныне Подкарпатского воеводства), ставшая частью Западноукраинской Народной Республики, и Русская Народная Республика Лемков с центром в селе Флоринка, декларировавшая свою независимость. В 1930 гг. дискуссия о национальной идентичности лемков усилилась, причём с точки зрения украинских национал-демократов и националистов сторонники лемковского сепаратизма были пособниками властей Польши в проводимой ими политике полонизации Лемковщины. В действительности большинство лемковских клириков придерживалось «старорусской» ориентации, считая себя представителями «лемковско-русинского» этноса. 22 октября 1932 г. на встрече с папским нунцием в Польше Франческо Мармаджи лемки священник Иоанн Полянский, миряне О. Гнатишак, М. Трохановский, Н. Громосяк впервые подняли вопрос о выходе лемковских приходов из подчинения Перемышльскому епископу Иосафату Коциловскому. В июне 1933 г. делегацию лемковского духовенства и мирян принял примас Польши кардинал Август Глонд. 22 октября 1933 г. в селе Крыница (ныне город Крыница-Здруй Малопольского воеводства) группа лемковских священников и мирян (около 1 тыс. человек) вручила Франческо Мармаджи петицию с просьбой об отделении Лемковщины от Перемышльской епархии и о создании отдельного епископства для лемков. Однако папа Римский Пий XI не пошёл на учреждение отдельной лемковской кафедры, но согласился создать апостольскую администрацию для Лемковщины. Об этом он объявил 13 января 1934 г., принимая в Риме церковную делегацию Лемковщины. Учреждение Апостольской администрации Лемковщины было урегулировано двумя документами: заключённой на десять лет «конвенцией» между Апостольской столицей и правительством Польши от 9 февраля 1934 г. о создании на Лемковщине новой церковной единицы и декретом Конгрегации восточных Церквей «Quo aptius consuleret animarum» от 10 февраля 1934 г.