Фавст публично оскорбил епископа, который в ответ отлучил его от церкви. На стороне аббата выступили епископы Максим Рейский и Валериан Цемельский. Конфликт был улажен на Соборе в Арелате, участники которого заставили епископа Феодора помириться с Фавстом. Они подтвердили, что епископ имел исключительное право совершать рукоположение монахов, разрешать служение клирикам из других областей и т.д., но полнота власти над монашеской общиной была передана аббату («всё множество монастырских мирян» (т.е. монахи, не имевшие священного сана) не подлежало юрисдикции епископа). В 450 гг. Фавст был избран на Рейскую епископскую кафедру и покинул Лерин. После этого сведения об истории монастыря становятся отрывочными. При аббате Поркарии (488/489 г.) в обитель был принят святой Кесарий, молодой клирик из Кабиллона (ныне Шалон-сюр-Сон), впоследствии назначенный келарем. Через несколько лет он отправился на лечение в Арелат, был принят в городской клир и в 502 или 503 г. избран на епископскую кафедру. В проповедях Кесарий неоднократно вспоминал о времени, проведённом на Лерине. В «Уставе для дев», который он составил для основанного им женского монастыря в Арелате, Кесарий воспроизвёл леринский чин псалмопения. В годы епископства Кесария (502/503 – 542/543 гг.) в Арелат пришли странствующие монахи Леобин и Альбин, которые намеревались отправиться на Лерин. Однако Кесарий, узнав, что Леобин покинул основанный им монастырь, велел ему вернуться к своим монахам. Святой Теодарий также хотел поселиться на Лерине, но, познакомившись с Кесарием, остался в Арелате и впоследствии основал монастырь близ Вьенны. Примерно тогда же в Леринский монастырь прибыл монах Антоний, уроженец Норика, который долгое время был отшельником в Северной Италии (через два года он скончался). По просьбе аббата Леонтия, по мнению исследователей, настоятеля Леринского монастыря, Эннодий составил Житие Антония. О связи, существовавшей между Лерином и монастырями Бургундии, свидетельствует «Житие Юрских отцов», составленное в 510 гг. по просьбе леринского аббата Марина. В Житии перечислены авторитетные монашеские наставники – Василий Великий, Пахомий Великий, Иоанн Кассиан и «святые Леринские отцы». Святой Иоанн Реомский, основавший монастырь в епископстве Лингоны (ныне Лангр), отправился на Лерин для изучения основ аскезы и монашеского общежития в соответствии с учением святого Гонората. Через полтора года по указанию Лингонского епископа Григория он вернулся в свою обитель и ввёл в ней леринские обычаи. Таким образом, в VI в. Леринский монастырь был признанным центром монашества, принятые в нём обычаи считались образцовыми. По мнению исследователей, автономия Леринского монастыря была ликвидирована по решению Арелатского собора (554 г.), участники которого восстановили епископскую юрисдикцию над монастырями и запретили настоятелям отлучаться из обителей без разрешения епископа. На Соборе присутствовал Спектат, епископ города Форум Юлия, в диоцезе которого находился Лерин. В 556 г. по поручению папы Римского Пелагия I (556–561 гг.) леринские монахи передали франкскому королю Хильдеберту I реликвии апостолов и мучеников. По мнению исследователей, патриций Динамий (ум. около 596 г.), наместник Прованса, автор «Жития святого Максима Рейского», составил стихотворную «Похвалу Леринскому острову». Григорий Турский упоминал о паломнике, посетившем Лерин. В 596 г. аббат Стефан принял в монастыре святого Августина, направленного папой Римским Григорием I Великим (590–604 гг.) в Британию, и послал понтифику посуду для римских бедняков.