Хотя после разгрома его сторонников Роджер был готов к переговорам, Ланфранку не удалось спасти его от гнева короля: несмотря на ходатайства Ланфранка о милосердии, вернувшийся в Англию король Вильгельм I приговорил Роджера к пожизненному заключению и к лишению всех владений. Ещё менее успешными были попытки Ланфранка защитить раскаявшегося графа Вальтеофа: по совету Ланфранка он отправился в Нормандию, чтобы лично умолять короля Вильгельма I о прощении, однако после возвращения вместе с королём в Англию он был казнён. Судьба мятежников свидетельствует о том, что влияние Ланфранка на короля Вильгельма I в государственных вопросах было ограниченным и не могло изменить общей политики короля и его представлений о надлежащих методах государственного управления. После кончины короля Вильгельма I Ланфранк, исполняя данное королю обещание, поддержал его сына короля Вильгельма II Рыжего (1087–1100 гг.); Ланфранк способствовал его скорейшей коронации и встал на сторону нового короля во время мятежа, поднятого в 1088 г. Одоном, графом Кентским и епископом Байё. Вследствие благотворного влияния Ланфранка в первые годы правления король Вильгельм II заботился о защите интересов Английской церкви, средних землевладельцев и англосакского населения; лишь после кончины Ланфранка правление короля Вильгельма II стало приобретать ярко выраженный деспотический характер, а отношения между королевской властью и архиепископским престолом оказались безнадёжно испорчены. В конце мая 1089 г. Ланфранк заболел лихорадкой и вскоре скончался; его смерть была неожиданной, однако он успел принять последнее причастие и оставить необходимые распоряжения относительно управления архиепископством в переходный период. Ланфранк был погребён в Кентерберийском соборе; в настоящее время точное место его захоронения исследователям неизвестно, однако условное место обозначено памятной плитой. В литературе XIV–XIX вв. исследователи встречают случаи употребления по отношению к Ланфранку титулов «блаженный» и «святой», однако сведений о его литургическом почитании в средневековой Англии нет. В Кентербери существовал обычай в день кончины Ланфранка совершать торжественную заупокойную мессу (requiem), а не мессу ему как святому. После извлечения из могилы и осквернения останков Ланфранка в период английской Реформации их предполагаемые сохранившиеся частицы, точное происхождение которых установить невозможно, почитались в Италии. Так, в церкви Санта-Мария-Ассунта (Джезуити) в Венеции находилась часть главы Ланфранка, перед которой в XVI–XVIII вв. совершалась месса Ланфранку как святому; ещё одна частица почиталась в Павии. В новом Римском Мартирологе, утверждённом в 2001 г. папой Римским Иоанном Павлом II (1978–2005 гг.), имя Ланфранка помещено под 28 мая с титулом «блаженный» («beato») и кратким комментарием, в котором отражены основные этапы его служения католической церкви.