Положение Киевской епархии принципиально изменилось во второй половине XIII в., когда резиденция общерусского митрополита переместилась из Киева в Северо-Восточную Русь. После разгрома Киева монголами в декабре 1240 г. и исчезновения митрополита Иосифа Киевская кафедра некоторое время оставалась вакантной. Около 1246 г. митрополитом был поставлен Кирилл II, кандидат Галицко-Волынского князя Даниила Романовича. Кирилл прибыл из Никеи в Киев раньше 1250 г. Вскоре он оставил разорённый татарами город (в Киеве были разрушены Софийский собор, Десятинная церковь, Печерский монастырь) и в 1250 г. переселился во Владимир-на-Клязьме, откуда предпринимал поездки по епархиям митрополии. В 1274 г. вернулся в Киев, в 1281 г. отправился в Северную Русь, 6 декабря скончался в Переяславле, погребён в киевском Софийском соборе. В 1283 г. Киевскую кафедру занял грек митрополит Максим. Вскоре после прибытия на кафедру он отправился в Орду за ярлыком, в 1284 г. вернулся в Киев. В 1299 г. митрополит Максим переселился в столицу Северо-Восточной Руси Владимир-на-Клязьме «с крылосом и со всем житием своим», т.е. взяв с собой кафедральный причт и администрацию, а Владимирская епархия (см. Владимирская и Суздальская епархия) вошла вместе с Киевской в состав митрополичьей области. В качестве оправдания переезда были выдвинуты «насилиа от татар в Киеве», так что «весь Киев разыдеся» («Полное собрание русских летописей», том 10). Тот факт, что новый митрополит святой Пётр (1308–1326 гг.) – уроженец Волыни – оставил своей резиденцией Владимир-на-Клязьме (в конце жизни поселился в Москве), говорит об объективном и необратимом характере происшедших перемен. Москва стала местопребыванием преемника Петра – грека митрополита Феогноста, неоднократно посещавшего юго-западнорусские части Киевской митрополии. Перед кончиной Феогност добился от Константинополя согласия после своей смерти поставить на митрополию Алексия, что и совершилось в июне 1354 г. Перед своим отъездом из Константинополя Алексий получил от патриарха Филофея утверждение перемещения кафедры Киевского митрополита из Киева в Северную Русь (Владимир-на-Клязьме). Патриарх закрепил за Киевским митрополитом управление Владимирской епархией, Киев должен был числиться «собственным престолом и первым седалищем архиерейским, а после него и вместе с ним святейшая епископия Владимирская была бы вторым седалищем и местом постоянного пребывания и упокоения» митрополитов. После перемещения церковного центра на северо-восток Киевские митрополиты приезжали на южные земли митрополии. По свидетельству древнейшего «Жития митрополита Петра», этот святитель посетил «Волынскую землю и Киевскую...». Митрополит Феогност, путешествуя по Юго-Западной Руси в 1329–1331 гг., несколько месяцев провёл в Киеве (святитель вновь побывал в волынских епархиях в 1347 г.). Митрополит Алексий приехал в Киев в январе 1359 г. и около 1360 г. был арестован по приказу Литовского великого князя Ольгерда. Митрополиту удалось бежать, и он вернулся в Москву. После этого последовал разрыв отношений между главой Русской церкви и литовским правителем, который сопровождался расстройством церковной жизни и управления в православных литовских епархиях.