В 1322 г. были достроены и освящены хоры кафедрального собора в Кёльне, куда перенесли мощи волхвов. Союз с Ричардом Корнуоллским из династии Плантагенетов, который в 1257 г. по инициативе короля Конрада I был избран королём Германии, способствовал росту влияния архиепископа. В XIII в. получила развитие теория о первенстве Кёльна среди германских епископств. К притязаниям на исключительное право короновать германских монархов, которые выдвигались в XI–XII вв., теперь добавились претензии на решение спорных вопросов, связанных с избранием короля. По мнению представителей архиепископства Кёльна, только тот, кто был коронован в Ахене, мог считаться законным правителем Германии. В это время изменилась административная система архиепископства: коллегия приоров постепенно утратила значение основного совещательного и избирательного органа при архиепископе, уступив место соборному капитулу. В начале XIII в. на фоне схизмы и некоторого ослабления власти архиепископа активно формировались коммунальные органы власти в Кёльне. К 1216 г. относятся точные сведения о первом заседании городского совета. Совет был создан для согласования политики архиепископа с важнейшими купеческими родами, но вскоре стал самостоятельной политической силой, что приводило к столкновениям с архиепископом. В 1250–1270 гг. имели место острые конфликты между городской общиной и архиепископом, а также между ремесленными цехами и отдельными патрицианскими семействами. В 1268 г. в ходе вооружённого противостояния горожан и архиепископа пятитысячное войско сторонников архиепископа попыталось проникнуть в город через туннель под укреплением Ульрепфорте. Предупреждённые горожане отбили нападение (впоследствии событие было увековечено рельефом на стене Ульрепфорте). Из-за противостояния архиепископу система городского самоуправления претерпела изменения: был создан совет из представителей основных патрицианских семейств и уполномоченных архиепископа (Малый совет), который взял на себя основные функции по управлению городом. Литературным памятником борьбы городской коммуны Кёльна за независимость стала стихотворная «Кёльнская хроника» Готфрида Хагена, законченная около 1270 г. Период высшего политического могущества архиепископа Кёльна как светского правителя закончился поражением в войне за Лимбургское наследство. В битве при Воррингене (1288 г.) объединённым силам герцога Брабантского, графов Юлиха, Клеве и Берга и городского ополчения Кёльна удалось не только разгромить армию архиепископа Зигфрида II фон Вестербурга (1275–1297 гг.), но и захватить прелата в плен. Горожане воспользовались этим, чтобы ограничить власть архиепископа, вынужденного уступить часть владений кафедры и признать фактическую независимость кёльнской коммуны (с этого времени резиденция архиепископа обычно находилась в Брюле, позднее – в Бонне). Власть в городе перешла к богатым торговым родам. В XIV в. 15 патрицианских семейств, заседавших в Малом совете, доминировали в городском управлении. В 1321 и 1341 гг. была проведена кодификация городского права и политического устройства («Книга присяги» («Eidbuch»)). Наряду с Малым советом действовал Большой совет (82 человека), состоявший из представителей приходских округов города, купцов и ремесленников.