Торговые отношения с Центральной Европой поддерживались, главным образом, через ярмарки в Лейпциге и во Франкфурте. Из Кёльна вывозили рейнское вино, металлы, оружие, текстиль, горожане закупали вино, фрукты, молочные продукты и проч. Большое значение в городской экономике играла транзитная торговля. Развитие города способствовало появлению неортодоксальных христианских общин. Прирейнские земли и особенно Кёльн стали центром движения катаров в Западной Европе. Процесс над катарами, проходивший в Кёльне в 1143 г., детально описан Экбертом из Шёнау в сочинении «Против катаров» («Contra catharos»; 1163 г.). Неизменно поддерживая королей и императоров в борьбе за инвеституру, архиепископы Кёльна добились определённой самостоятельности. В XII в. центральная власть почти не вмешивалась в выборы прелатов, исключением стали назначения на архиепископскую кафедру Райнальда фон Дасселя (1159–1167 гг.) и Филиппа фон Хайнсберга (1167–1191 гг.). В 1131–1297 гг. кафедру Кёльна занимали, в основном, представители местной знати (семейства Берг и Хохштаден). Возвышение местных родов объясняется в том числе отказом от королевской инвеституры, вследствие чего избрание архиепископа полностью перешло к коллегии приоров (позднее к соборному капитулу), которая состояла, в основном, из представителей местной знати. Союз архиепископа Кёльна как имперского князя с императором был особенно крепок в период правления Фридриха I Барбароссы (1152–1190 гг., император с 1155 г.). По воле императора в Кёльне были доставлены мощи волхвов, захваченные им в Милане. Благодаря этим реликвиям, а также обретённым в XII в. мощам святой Урсулы и святого Гереона город стал крупным паломническим центром, сравнимым с Римом и Сантьяго-де-Компостела. В 1180 г. была издана так на Гельнхаузенская привилегия: за помощь в конфликте с Генрихом Львом император Фридрих I Барбаросса передал под светскую власть архиепископа часть расформированного герцогстства Вестфалия-Энгерн (собственно Вестфалию и Фест-Рекклингхаузен). После смерти Фридриха I Барбароссы архиепископы Кёльна возглавили германскую оппозицию династии Штауфенов. Архиепископ Адольф фон Альтена (1193–1205 гг.) способствовал освобождению из плена английского короля Ричарда I Львиное Сердце (1194 г.). После смерти императора Генриха VI архиепископ организовал в Кёльне избрание на королевский престол представителя династии Вельфов Оттона Брауншвейгского и короновал его в Ахене (см. Оттон IV). В 1204 г. архиепископ Адольф занял сторону Филиппа Швабского, родственника императора Фридриха II Штауфена, и за это был смещён папой Римским Иннкентием III (1198–1216 гг.). Политическая неустойчивость, запутанные отношения с Папским престолом и претендентами на германскую корону привели к возникновению в 1205–1215 гг. схизмы в архиепископстве Кёльна. После преодоления схизмы архиепископы Генрих I фон Мюлленарк (1225–1238 гг.), Конрад I Хохштаден (1238–1261 гг.) и Энгельберт II фон Фалькенбург (1261–1274 гг.) проводили антиштауфеновскую политику. После падения династии Штауфенов архиепископ Кёльна стал самым влиятельным духовным князем в Северо-Западной Германии. При архиепископе Конраде I были заложены готический кафедральный собор в Кёльне и монастырь цистерианцев в Альтенберге, расширены владения архиепископа (присоединены графства Хохштаден и Зайн).