Значительная роль в управлении принадлежала министериалам, приближённым архиепископа (ими не обязательно были представители духовенства), которые проживали, главным образом, в Кёльне. Высшие министериалы составляли двор архиепископа, были крупными землевладельцами и торговцами, имели влияние в городе (об их значении в княжестве свидетельствует тот факт, что многие патрицианские роды XIII–XIV вв. восходили к придворным министериалам). Сформировались основные властные органы архиепископства. Место хорепископов (о них сохранилось мало сведений), составлявших «среднее звено» управления диоцезом, заняли архидиаконы, окончательно оформилась система городских приходов. В конце XI в. возникла коллегия приоров; именно ей, а не соборному капитулу до середины XIII в. было делегировано право избирать архиепископа. Коллегия приоров состояла из пробстов и деканов городских церквей, аббатов основных монастырей в Кёльне и настоятелей крупных аббатств Дойц и Зигбург, представителей соборного клира и духовенства крупных городов митрополии (Бонн, Ксантен и Зост). С ростом благосостояния горожан было связано формирование городского сословия, начались выступления жителей Кёльна против полновластия архиепископа. Проявлением борьбы за городские свободы стало восстание 1074 г. Поводом для мятежа послужил произвол Аннона II, конфисковавшего у некоего купца судно для собственных нужд. Возмущённые горожане вынудили архиепископа укрыться в соборе, а затем бежать из города. Вскоре Аннон II подступил к Кёльну с войском и заставил мятежников сдаться. Зачинщики были сурово наказаны, многие жители, опасаясь репрессий со стороны иерарха, покинули город. Только перед смертью (4 декабря 1075 г.) архиепископ даровал прощение бунтовщикам и снял наложенное им отлучение. В XII в. увеличились население и территория Кёльна (за 100 лет городские стены перестраивались два раза), выросло его экономическое и политическое значение. Авторы XII в. писали о Кёльне как о «главе всех городов», митрополии Германии (Уильям из Малмсбери), самом большом и богатом из всех городов (Оттон Фрайзингский). Формируется административное деление Кёльна на 12 округов (на основе приходской структуры), в каждом из них создана система самоуправления. Первоначально городское управление зависело от архиепископа; в XII в. главными городскими органами были коллегия шеффенов (присяжных заседателей), обладавшая судебной и административной властью, и Рихерцехе (Richerzeche), надзиравший за ремеслом и торговлей. В состав Рихерцехе входили наиболее состоятельные и авторитетные горожане. Таким образом, власть в Кёльне начала переходить к патрициату – знатным городским родам. Под 1112 г. упоминается о некоем объединении горожан в борьбе за свободу (coniuratio pro libertate), к 1149 г. в Кёльне уже были избираемые на два года из членов Рихерцехе бургомистры. В дальнейшем созданная система коммунального самоуправления постепенно теснила архиепископских ставленников, приобретая всё новые привилегии. В XII–XIII вв. Кёльн занял лидирующую позицию в Ганзейском объединении. Большое значение для Кёльна имела торговля с городами Фландрии и Брабанта (Антверпен, Брюгге), благодаря которой перед кёльнскими купцами открывались рынки Северной Франции, Англии, прибалтийских городов.