Важнейшей задачей Готхард Кетлер считал нормализацию церковной жизни Курляндского герцогства, которая во время войны пришла в полный упадок, а также создание системы христианского воспитания и образования. Готхард Кетлер (как и его ближайшие сподвижники) был убеждённым лютеранином, поэтому в вопросах организации церковной жизни и религиозного образования Курляндия при Готхарде Кетлере ориентировалась на классическое виттенбергское лютеранство. Распространение лютеранства в Ливонии началось ещё в 1520 гг.; значительная заслуга в этом принадлежит проповедовавшему в Риге Андреасу Кнопкену (около 1468 – 1539 гг.), другу Иоганна Бугенхагена (1485–1558 гг.), одного из близких сподвижников Мартина Лютера (1483–1546 гг.). К середине XVI в. крупные лютеранские общины существовали в Риге, Дерпте и Ревеле; в ходе многочисленных столкновений с католическими иерархами Ливонии и верными католицизму представителями Ливонского ордена протестантские проповедники смогли отстоять свои позиции и добились принятия ряда постановлений о веротерпимости. Важнейшим из них стало решение ландтага в Вольмаре от 17 января 1554 г., согласно которому протестанты получали право свободно исповедовать свою веру и законным образом избирать себе пасторов. Число католиков в Ливонии неуклонно снижалось; католические епископы заботились лишь о сохранении своих земельных владений и целиком уступили дело религиозной проповеди протестантам. После раздела Ливонии в 1561 г. и смерти архиепископа Рижского Вильгельма в 1563 г. на территории Ливонии не осталось ни одного католического епископа. Большая часть немецкой знати исповедовала протестантизм, тогда как коренное население формально оставалось верным католицизму, который переплетался с широко распространёнными древними языческими верованиями. При этом протестантские общины не имели твёрдого законного статуса и общего устава, что осложняло их деятельность и служило источником многочисленных нестроений и злоупотреблений. Для упорядочения церковной жизни в герцогстве Готхард Кетлер распорядился провести визитации всех действовавших церковных общин, в ходе которых пасторы должны были засвидетельствовать свою способность к служению и верность вероисповедным принципам лютеранства. Контроль над визитациями был возложен на специально приглашённого из Саксонии пастора Штефана Бюлова (Стефана Белау), ставшего первым лютеранским суперинтендантом Курляндского герцогства. Положение дел на местах было столь плачевным, что после ознакомления с результатами визитаций Ш. Бюлов заявил, что не видит возможностей для исправления ситуации, и в 1566 г. покинул герцогство. Однако это не остановило Готхарда Кетлера в его намерениях: в 1567 г. он добился принятия на ландтаге постановления о выделении средств на храмовое строительство и организацию церковных школ. По его настоянию визитации были продолжены под руководством С. Хеннинга; новым суперинтендантом Курляндии стал выходец из Вестфалии Александр Эйнгорн (ум. в 1575 г.). Он был талантливым проповедником и деятельным администратором; действуя совместно с ближайшим соратником Готхарда Кетлера, С. Хеннингом, он уже через несколько лет добился значительных успехов. Во исполнение распоряжений Готхарда Кетлера в Курляндии началось беспрецедентное для того времени по масштабам сооружение новых церковных зданий; кроме того, активно велась реставрация сохранившихся католических церквей.