В 1551 г. он получил должность орденского управляющего (Schaffer) в Вендене (ныне Цесис, Латвия), который в то время был вторым после Риги по значимости городом Ордена и официальной резиденцией ландмейстера. В 1554 г. Готхард Кетлер был назначен комтуром Динабурга (современный Даугавпилс, Латвия), располагавшегося близ границы Ливонского ордена с Литвой. У Готхарда Кетлера сложились хорошие отношения с литовскими аристократами, в том числе с пользовавшимся большим влиянием в Литве и в Польше князем Николаем Христофором Радзивиллом Чёрным (1515–1565 гг.), воеводой Виленским; с этого времени Готхард Кетлер был убеждённым сторонником польской партии в Ливонском ордене. К середине 1550 гг. Готхард Кетлер стал одним из наиболее влиятельных дипломатов Ливонского ордена: по поручению руководства Ордена вёл переговоры о военной поддержке как с князьями Священной Римской империи, так и с высшей аристократией Литвы и Польши. Во время одной из поездок в Германию Готхард Кетлер посетил Виттенберг и, как полагают исследователи, встретился с Филиппом Меланхтоном (1497–1560 гг.); к этому времени исследователи относят начало его увлечения идеями протестантизма. В 1553 или 1554 г. в Любеке Готхард Кетлер познакомился с протестантским студентом-теологом и литератором Саломоном Хеннингом (1528–1589 гг.), который стал его личным секретарём и помощником. С. Хеннинг является автором сочинения «Хроника Ливонии и Курляндии», содержащего подробное описание событий в Ливонии с 1554 по 1589 гг., а также многие ценные сведения о жизни и деятельности Готхарда Кетлера. В 1554–1557 гг. противостояние между различными партиями в Ливонии обострилось и переросло в междоусобную войну. Поводом к раздору между Вильгельмом Бранденбург-Ансбахским, архиепископом Рижским (1539–1561 гг.), и ландмейстером Ливонского ордена Генрихом фон Галеном (около 1480 – 1557 гг.) послужило назначение коадъютором (заместителем) архиепископа Рижского герцога Христофора Мекленбург-Шверинского, который был родственником польского короля Сигизмунда II Августа. Генрих фон Гален воспринял назначение как подготовительный шаг к передаче Ливонии под власть Польши, собрал ландтаг и объявил о начале войны Ордена с архиепископом. Действия Генриха фон Галена вскоре привели к расколу внутри Ордена: он назначил своим коадъютором Иоганна Вильгельма фон Фюрстенберга (ум. около 1568 г.), что вызвало неудовольствие претендовавшего на этот пост маршала Ордена Каспара фон Мюнстера, присоединившегося к архиепископу Вильгельму. Хотя Готхард Кетлер был сторонником союза с Польшей, он сохранил верность руководству Ордена. В 1556 г. Генрих фон Гален отправил Готхарда Кетлера в Германию с целью найма солдат для войны с архиепископом; Готхарду Кетлеру удалось нанять и переправить в Ливонию несколько отрядов. Летом 1556 г. войска Ордена, во главе которого к этому времени фактически встал Иоганн Вильгельм фон Фюрстенберг, смогли пленить архиепископа и захватить многие его владения. Это вызвало сильное неудовольствие короля Сигизмунда II Августа, который летом 1557 г. выдвинул к границам Ливонского ордена крупную армию. Под давлением короля Сигизмунда II Августа Иоганн Вильгельм фон Фюрстенберг в мае 1557 г. был вынужден заключить в Позволе (ныне Пасвалис, Литва) мир с архиепископом Рижским; он признал все его права и обязался возместить ущерб, нанесённый войсками Ордена владениям архиепископа.