Воспользовавшись длившимся с марта по ноябрь 1559 г. перемирием с Россией, Готхард Кетлер закрепился в Ревеле (ныне Таллинн) и, заложив ряд земельных владений Ливонского ордена, собрал деньги, необходимые для найма войска. Одновременно он активизировал дипломатическую деятельность, направляя многочисленные просьбы о военной помощи князьям Священной Римской империи, а также правителям Польши и Швеции; в ответ ему обещали поддержку, но никаких практических действий европейскими правителями предпринято не было. В ноябре 1559 г. Готхард Кетлер попытался ещё раз отбить у русских войск Дерпт, однако вновь потерпел неудачу. В конце 1559 – начале 1560 гг. русские войска продолжали совершать из Дерпта набеги на Ливонию, захватывая и грабя замки. Летом 1560 г. русские войска под предводительством князя Андрея Михайловича Курбского (1528–1583 гг.), воспользовавшись изменой немецкого гарнизона, захватили замок Феллин, взяли в плен Иоганна Вильгельма фон Фюрстенберга, а также получили в своё распоряжение артиллерийские орудия Ливонского ордена, хранившиеся в замке; осенью русские войска осадили замки Венден, Вольмар (ныне Валмиера, Латвия), Вайсенштайн (ныне Пайде, Эстония), Реваль и разграбили их окрестности. К 1561 г. Ливонская конфедерация фактически прекратила существование: русская армия получила контроль над многими замками Ливонии; польские и литовские войска заняли ряд замков, заложенных раньше Орденом для получения средств на наёмных солдат; северная часть Ливонии (территория современной Эстонии) и некоторые земли на побережье Балтийского моря были поделены между Данией и Швецией, которые заключили договоры о передаче власти и протекторате с епископами и городскими советами. Желая сохранить от захвата Россией территории, ещё остававшиеся под контролем Ливонского ордена, Готхард Кетлер и его соратники приняли решение согласиться на вхождение земель Ордена в состав союза Литвы и Польши, которое было предложено королём Сигизмундом II Августом через князя Николая Радзивилла. Осенью 1561 г. в Риге и Вильно (ныне Вильнюс) проходили переговоры, на которых делегацию Ливонии возглавляли Готхард Кетлер и архиепископ Рижский Вильгельм, а делегацию Литвы и Польши – князь Николай Радзивилл. В ходе переговоров были согласованы «Условия подчинения» («Pacta subjectionis»; русский перевод: «Документы к истории присоединения Ливонии к Польше. 1880 г.), а также особые «Привилегии дворянству». Оба документа были официально подписаны королём Сигизмундом II Августом в Вильно 28 ноября 1561 г. и приняты представителями Ливонии. В соответствии с «Условиями...» Ливонский орден подлежал секуляризации и роспуску. Большая часть земель Ордена (в том числе важная в стратегическом отношении Рига) переходила непосредственно под управление короля Сигизмунда II Августа и преобразовывалась в герцогство Задвинское в составе Литвы; меньшая часть была выделена в герцогство Курляндия и Семигалия, которое стало родовым владением Готхарда Кетлера как вассала короля Сигизмунда II Августа. Курляндское герцогство представляло собой область к югу от реки Западная Двина (Даугава), которая имела вид длинной полосы, растянутой от запада к востоку; оно не было сплошной территорией, т.к. внутри его было немало чужих владений.