Из-за невозможности в краткие сроки добиться согласия от польского сейма на присоединение Ливонии формально Ливония получила статус не части Литвы или Польши, но особого «личного наследственного владения» короля Сигизмунда II Августа; при этом король брал на себя обязательство добиться освобождения Ливонии от вассальной зависимости по отношению к императору Священной Римской империи и её полноправного вхождения в союзное государство Литвы и Польши. Статус провинций Ливонии как подчинённых непосредственно польскому королю остался неизменным и после Люблинской унии (1569 г.), в результате которой Польша и Литва образовали единое государство – Речь Посполитую. В «Условиях...» было оговорено, что рыцари Ордена, владевшие землями на территории созданного Курляндского герцогства, становились вассалами Готхарда Кетлера и получали все права польских дворян. В «Привилегиях...» закреплялось право ливонских дворян на их земельные владения, подтверждалась неизменность «германского управления» в Ливонии, т.е. всех действовавших правовых норм, договоров и обычаев. Поскольку многие представители знати Ливонии к этому времени были протестантами, а король Сигизмунд II Август оставался верным католицизму, специально была оговорена свобода вероисповедания: «Дабы оставалась священной и неприкосновенной религия, хранимая согласно евангельскому и апостольскому Писанию, Никейскому Символу и Аугсбургскому исповеданию» («Codex diplomaticus regni Poloniae»). 5 марта 1562 г. Готхард Кетлер в Риге в присутствии рыцарей Ливонского ордена передал князю Николаю Радзивиллу ключи от орденских замков и печать Ордена; рыцари сняли кресты и орденские мантии в знак сложения с себя духовного звания. Готхард Кетлер принёс присягу на верность королю Сигизмунду II Августу и получил назад ключи от замков уже как вассал короля и «наместник Ливонии». Тем самым существование Ливонского ордена прекратилось. После заключения соглашения с королём Сигизмундом II Августом Готхард Кетлер первоначально жил в Риге, где владел собственным замком. Его попытки получить контроль над Ригой были неудачными: формально при роспуске Ливонского ордена она добилась от короля Сигизмунда II Августа подтверждения её статуса независимого торгового города, а фактически перешла под управление польской администрации. К началу 1570 гг. Готхард Кетлер окончательно переселился в замок Митау. В событиях Ливонской войны середины 1560 – 1580 гг. Готхард Кетлер активного участия не принимал. В 1577 г., во время наибольших завоевательных успехов русской армии в Ливонии, войска царя Ивана IV Васильевича вплотную подходили к владениям Готхарда Кетлера, однако на принадлежавшие ему поселения и замки не нападали. Согласно сообщению С. Хеннинга, это было проявлением особой «милости» царя, который будто бы, отвечая на мирное письмо к нему Готхарда Кетлера, заявил, что «на этот раз он пощадит его Божию земельку («Gottes Ländichen») и не станет разорять её» (прямые документальные подтверждения этой переписки исследователям неизвестны). Основное внимание Готхард Кетлер уделял внутренним делам в герцогстве, стремясь любой ценой сохранить его единство, по возможности вернуть в его состав утраченные территории, а также восстановить разрушенную войной хозяйственную жизнь. С целью укрепить политическое положение герцогства Готхард Кетлер 12 марта 1566 г. вступил в брак с дочерью Альбрехта VII (1486–1547 гг.), герцога Мекленбургского, Анной Мекленбургской (1533–1602 гг.). От этого брака у Готхарда Кетлера родилось несколько детей, в том числе два старших сына, Фридрих и Вильгельм, ставшие его наследниками и правителями Курляндии.