К 2015 г. в собрании Владимиро-Суздальского музея-заповедника выявлено несколько древних предметов из монастыря: шитый шёлком лицевой покров преподобного Космы (XVI в.), серебряный мощевик с Яхромским образом Божьей Матери (начало XVI в.) и золотой наперсный крест с распятием. В издании 1910 г. «Иконография Богоматери» Никодима Павловича Кондакова помещено изображение Богоматери «Яхромской» – чудотворной иконы из Космина Яхренского монастыря, «явившейся в 1482 г.». Судя по воспроизведению, исследователи полагают, что икона была под поздней записью. Возможно, поэтому, она не вошла в опись древних предметов 1906 г. Местонахождение этой иконы исследователям неизвестно. Во второй половине XIX в. по просьбе жителей деревни, считавших преподобного Косму её уроженцем, был учреждён ежегодный крестный ход с монастырскими святынями. С 13 июня 1886 г. епархиальное начальство разрешило изнесение в девятую пятницу после Пасхи из Космина Яхренского монастыря в деревню Зерзнево (Зернево) Суздальского уезда ростовых икон преподобного Космы и святителя Митрофана Воронежского, а также местночтимого образа Успения Божьей Матери. Кроме настоятеля и братии в торжестве принимало участие духовенство соседних сёл Андреевского и Рожнова. В конце 1917 г. в Космином Яхренском монастыре проживали 11 насельников (пять иеромонахов, три иеродиакона, три послушника), в конце 1922 г. – шесть монахов. В 1917–1922 гг. настоятели избирались из иеромонахов Космина Яхренского монастыря. Лишь в мае 1918 г. по указу патриарха Тихона настоятелем был определён архимандрит Евфимиева суздальского монастыря Макарий, управлявший Косминым Яхренским монастырём до июня того же года. Положение обители ухудшилось уже зимой 1917/1918 гг.: в результате противодействия местных властей насельникам не удалось заготовить дрова. В 1918 г. началась конфискация монастырской собственности. Принадлежавшие монастырю торговая площадь и трактирное заведение (бывшая гостиница) были национализированы. Но в феврале того же года торговая площадь была временно возвращена обители. В 1920–1922 гг. в здания монастыря вселяли различные учреждения. К августу 1922 г. богослужения совершались в двух храмах, сдававшихся в аренду общине верующих граждан села Небылого. Другие постройки лишь частично находились в пользовании монашествующих. В начале 1920 гг. в монастыре находились также ветеринарная лечебница, амбулатория, волостная библиотека и сельская кузница. К 1922 г. земельные владения монастыря (30 десятин пахотной земли и 9 десятин лугов) были конфискованы, братии был оставлен только небольшой участок для посадки картофеля. В декабре того же года во Владимире была организована Губкомиссия по переучёту церковных ценностей и ликвидации монастырей в губернии. В рамках кампании помощи голодающим Поволжья у Космина Яхренского монастыря была изъята почти вся золотая и серебряная церковная утварь. 20 января 1923 г. по постановлению президиума Губисполкома в месячный срок предписывалось закрыть все монастыри на территории Владимирской губернии, а церковное имущество взять на учёт уездным властям. Комиссия по ликвидации монастыря работала 18–21 июля 1923 г. Остававшиеся к этому времени в обители утварь из серебра, оклады с иконы святителя Митрофана, Тихвинской иконы Божьей Матери и др. были изъяты и поступили в Губфинотдел; кресты, иконы, ризы, «старинные женские головные уборы» переданы во Владимирский губернский музей.